数据

Question

我查看了其他帖子，我想我知道自己能做些什么，但我想明确一点！

我有一个非常大的数据框，包含4个变量和多个行。

  Chain ResId ResNum    Energy
1     C   O17    500 -37.03670
2     A   ARG      8  -0.84560
3     A   LEU     24  -0.56739
4     A   ASP     25  -0.98583
5     B   ARG      8  -0.64880
6     B   LEU     24  -0.58380
7     B   ASP     25  -0.85930

每行包含CHAIN（A，B或C），ResID，ResNum和Energy。我想对这些数据进行排序，以便属于每个链中特定Resid和num的所有能量值聚集在一起。按群集，我指的是＆＃34; ARG 8＆＃34;的所有值。被分组或包含＆＃34; ARG 8＆＃34;的所有行。分组。我不知道哪个更有效率。理想情况下，我希望所有残基的输出都是

ARG 8
0.000
0.000
0.000

其中＆＃34; 0.000＆＃34;是ARG 8或O17等的能量值。

很抱歉标题符号中断，我希望数据干净，但我无法插入图片。

数据

structure(list(Chain = structure(c(3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L
), .Label = c("A", "B", "C"), class = "factor"), ResId = structure(c(4L, 
1L, 3L, 2L, 1L, 3L, 2L), .Label = c("ARG", "ASP", "LEU", "O17"
), class = "factor"), ResNum = c(500L, 8L, 24L, 25L, 8L, 24L, 
25L), Energy = c(-37.0367, -0.8456, -0.56739, -0.98583, -0.6488, 
-0.5838, -0.8593)), .Names = c("Chain", "ResId", "ResNum", "Energy"
), class = "data.frame", row.names = c(NA, -7L))

Answer 1

编辑后，您最有可能寻找的输出是：

library(reshape2)
dcast(df, ResId~Chain, value.var= 'Energy')
  ResId        A       B        C
1   ARG -0.84560 -0.6488       NA
2   ASP -0.98583 -0.8593       NA
3   LEU -0.56739 -0.5838       NA
4   O17       NA      NA -37.0367

这会将值放在一起。您可以根据所需的输出进一步指定。

df[order(df$ResId), ]
  Chain ResId ResNum    Energy
2     A   ARG      8  -0.84560
5     B   ARG      8  -0.64880
4     A   ASP     25  -0.98583
7     B   ASP     25  -0.85930
3     A   LEU     24  -0.56739
6     B   LEU     24  -0.58380
1     C   O17    500 -37.03670

#With dplyr
library(dplyr)
df %>%
  arrange(ResId)
  Chain ResId ResNum    Energy
1     A   ARG      8  -0.84560
2     B   ARG      8  -0.64880
3     A   ASP     25  -0.98583
4     B   ASP     25  -0.85930
5     A   LEU     24  -0.56739
6     B   LEU     24  -0.58380
7     C   O17    500 -37.03670

数据

df <- read.table(text = '
Chain ResId ResNum Energy

C O17 500 -37.0367

A ARG 8 -0.8456

A LEU 24 -0.56739

A ASP 25 -0.98583

B ARG 8 -0.6488

B LEU 24 -0.5838

B ASP 25 -0.8593', header=T)

Answer 2

如果您想转换为wide格式

library(reshape2)
dcast(df, ResId+ResNum~paste0('Energy.',Chain), value.var='Energy')
#   ResId ResNum Energy.A Energy.B Energy.C
#1   ARG      8 -0.84560  -0.6488       NA
#2   ASP     25 -0.98583  -0.8593       NA
#3   LEU     24 -0.56739  -0.5838       NA
#4   O17    500       NA       NA -37.0367

Answer 3

试试这个：

df <- df[order(df$Chain, df$ResId, df$ResNum),]

其中df是数据框的名称。这应该为你订购。

按因子对数据排序并输出到矩阵（或df）R中

3 个答案:

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