Question

我最近从OSX Mountain Lion“升级”到Yosemite，从R 3.1.3升级到3.2。升级之后，当我打开R或RStudio时，我收到一条弹出消息，说我需要安装Java 6.此外，加载rJava或任何依赖于rJava的包（例如xlsx }）导致RStudio崩溃（当我通过直接打开R.app尝试此操作时R也崩溃了）。

尝试在Stack Overflow和其他地方找到一些修复程序后（下面有更多详细信息），我处于加载rJava或任何依赖rJava的程序包不再导致R崩溃的程度，但会导致以下错误：

library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

但是，如果我从命令行调用R然后加载rJava或依赖rJava的任何包，它似乎工作（或者至少我没有收到任何错误消息）

我尝试了一些不同的尝试修复，其中一些已经修改了几次，并且不能完全记住我按照什么顺序做了什么（没有意识到这将是一个混乱并且不是真的保持跟踪），但这是它的要点：

在我的.bash_profile（每this SO answer）中添加了以下内容：

导出JAVA_HOME =“/ usr / libexec / java_home -v 1.8”
export LD_LIBRARY_PATH = $ JAVA_HOME / jre / lib / server
从命令行重新配置java，如下所示：

sudo R CMD javareconf -n
选中options("java.home")并发现此设置为NULL。我尝试将其设置为以下（this SO question}）：

选项（ “java.home”= “/库/爪哇/ JavaVirtualMachines / jdk1.8.0_45.jdk /内容/主页/ JRE”）
安装了最新的Java开发工具包并从源代码重新安装了rJava（不记得我在哪里找到了它）。

在尝试所有这些的某个时刻，我能够加载rJava而不会崩溃R，而是收到上面发布的错误消息。此外，当我退出RStudio时，它似乎正常关闭，但随后会弹出“RStudio意外退出”消息，表示程序在尝试关闭时崩溃了。

我最终决定安装Java for OS X 2014-001（Java 6），因为我似乎没有选择。现在，当我打开R或RStudio时，“此软件需要Java 6”弹出消息不再出现。但是，我仍然收到上面发布的.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'错误消息。

在回顾我已经看过的一些帖子时，我注意到我之前错过了another SO answer，建议使用以下命令行代码打开RStudio，为RStudio提供正确的java路径：< / p>

LD_LIBRARY_PATH = $（/ usr / libexec / java_home）/ jre / lib / server：open -a RStudio

这打开了一个RStudio窗口，我还能够加载rJava和依赖它的包而不会出错。

最后，我尝试从命令行运行R（我之前没有做过）。事实证明，在命令行中，加载rJava或任何依赖于rJava的包都可以正常工作，并且不会抛出任何错误。

所以，如果我从命令行打开RStudio并使用为RStudio提供java路径的代码（如上所述），我现在可以使rJava工作。但是，我想找到一种方法来解决潜在的问题，无论它是什么，这样就可以用通常的Mac方式打开RStudio，而不需要命令行kludge。我还担心安装旧版本的Java可能会导致问题。

有没有人对如何诊断和解决这个问题有任何想法？

Answer 1

我遇到了同样的问题并且和你一样经历了同样的步骤。允许通过Finder / Spotlight启动RStudio的最后一步是将libjvm.dylib链接到/ usr / local / lib：

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

添加了

-f标志以强制覆盖现有文件/链接

Answer 2

在OSX El Capitan 10.11上，用户无权写入/ usr / lib。因此，请使用以下命令：

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Answer 3

您可以通过像

一样运行来明确加载libjvm.dylib

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Answer 4

在macOS High Sierra（10.13.1）和Java Version 9上，您必须使用稍微不同的JVM路径（注意路径中缺少的jre文件夹与早期Java版本的说明相比）：

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

您还必须通知R有关JVM的信息：

MY_R_VERSION=$(Rscript -e "cat(with(R.version, sprintf('%s.%s', major, substring(minor, 1, 1))))")
ln -s /usr/local/lib/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/$MY_R_VERSION/Resources/lib/

Answer 5

以下命令有效：

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

之后，在RStudio中，加载rJava可以通过加载＆＃34; xlsx＆＃34;封装

library("xlsx")

P.S。＃1环境：Mac OS X El Capitan 10.11.3+，RStudio 0.99.491+和R 3.2.3+。（我现在也在macOS Sierra（10.12）和R.3.3.1上对此进行了测试。）

P.S。＃2我发现openxlsx要快得多，并且不依赖Java来工作，所以我现在正在使用该软件包。希望能帮助他人。

Answer 6

这就是我在运行Mac OS X El Capitan（10.11.6）的两台Mac上配置它的方法：

通过在终端窗口中发出以下命令来卸载'rJava'：

Rscript -e 'remove.packages("rJava")'
sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")'

从Oracle下载并安装Java软件：https://www.java.com/en/download/mac_download.jsp

使用您喜欢的编辑器将以下行添加到/Users/<userid>/.bashrc：

# Set JAVA_HOME so rJava package can find it
export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre

关闭并重新启动任何终端，R和RStudio窗口（以获取对.bashrc的更改）。

在终端窗口中运行以下命令：

sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

在终端窗口中运行以下命令：

sudo Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'

Answer 7

您应该能够使用CRAN rJava，而无需重新编译 rJava 或通过将共享库链接到R框架库目录来执行任何其他步骤。

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

Answer 8

以下是简单的步骤：

删除rJava包：remove.packages（rJava）
close R
在Mac上安装最新的Java
打开终端并输入以下命令：sudo R CMD javareconf
打开R并使用以下命令安装rJava：

install.packages（“rJava”，dependencies = TRUE，type =“source”）

Answer 9

使用最新的Java SE 10 JDK在OSX High Sierra上进行全新安装时，找不到图像问题。

我能够使用rJava Github问题页面上的修复解决rJava的路径问题：https://github.com/s-u/rJava/issues/78

R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS = -I / System / Library / Frameworks / JavaVM.framework / Headers

Answer 10

这对我来说对MAC有用：

在~/.profile或~/.bashrc添加此行： %export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_102.jdk/Contents/Home

1.1 % source .profile（或% source .bashrc）
% sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
remove.packages(rJava)
remove.packages(Rweka)
从终端输入以下命令： %sudo R CMD javareconf
install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
加载library("rJava", "RWeka")

祝你好运。

Answer 11

也许另一个简单的答案不会触及您的文件系统：

$ install_name_tool -add_rpath /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

（用您的JDK路径替换jdk1.8.0_131.jdk。）

Answer 12

检查libjvm.dylib文件的位置。

试试这个，在我看来这很有效：

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Answer 13

我经历了所有可能的故障排除过程，然后从Oracle downloads安装了jdk-11.0.1_osx-x64_bin.dmg

此后一切都很好。

检查运行库（'rJava'）时未加载的库版本，并将其与您需要安装的Java版本进行匹配。

Answer 14

下面的这一行解决了我在rJava包中遇到的问题，正如本次讨论中的其他人所做的那样。我确信这个问题不止一个解决方案，我真诚地感谢他们所有人的贡献，因为有时像下面这样的一行可以节省大量的时间去垃圾！

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Answer 15

您可以在此下载El Capitan的旧版Java 6：https://support.apple.com/kb/DL1572?viewlocale=en_US&locale=en_US 这样做之后，rJava包对我有用。

Answer 16

在命令行上运行以下命令：sudo R CMD javareconf

上面的几个解决方案已经提到了这一点，但他们还建议删除并随后重新安装rJava包。我发现这些额外的步骤是不必要的。

Answer 17

我注意到，在Rstudio中加载时，“ rJava”对于JDK版本非常严格。
在我的情况下（对于Mac OS 10.14.6-Mojave），我已经安装了jdk-13，并已针对jdk-11进行了测试。
我已将我的JDK版本链接到Rstudio（JDK 11）认为有效的不存在的目录：

sudo ln -sf /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.jdk/ /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk

令人惊讶的是，它就像一个魅力...
顺便说一句，按照本机R中的先前说明运行“ rJava”没有问题。

Answer 18

您可以使用以下命令在R中更改引用：

sudo install_name_tool -change /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

“升级”到OSX Yosemite后，RStudio / R中的rJava加载错误

18 个答案: