我尝试使用此配置编译PESTC:
./configure --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --download-f-blas-lapack=1 --download-openmpi --with-shared-libraries
make PETSC_DIR=/tmp/petsc-3.3-p7 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug all
但是在编译我使用petsc的lib时,即使我链接了所有的宠物库,它也会在运行时抱怨:undefined symbol: _Z10VecGetSizeP6_p_VecPi
,并且经过一些搜索后,我遇到了一些。所以我的petsc没有构建,像libpetscvec.so
或libpetscsnes.so
这样的库。
我还发现它会生成一些.mod
与这些非生成库的名称相同(例如:/tmp/petsc-3.3-p7/arch-linux2-c-debug/include/petscsnes.mod
)。
所以我不确定我是否错过了一个标志,它应该告诉编译器给我libs没有模块,或者如果它们在某些外部包中,并且我应该安装--download-SOMEPACKAGE
。
以下是.so
:
$PETSC_DIR/$PETSC_ARCH/lib
个库
libmca_common_sm.so
libmca_common_sm.so.1
libmca_common_sm.so.1.0.2
libmpi.so
libmpi.so.0
libmpi.so.0.0.4
libmpi_cxx.so
libmpi_cxx.so.0
libmpi_cxx.so.0.0.1
libmpi_f77.so
libmpi_f77.so.0
libmpi_f77.so.0.0.3
libmpi_f90.so
libmpi_f90.so.0
libmpi_f90.so.0.1.0
libopen-pal.so
libopen-pal.so.0
libopen-pal.so.0.0.0
libopen-rte.so
libopen-rte.so.0
libopen-rte.so.0.0.0
libopenmpi_malloc.so
libopenmpi_malloc.so.0
libopenmpi_malloc.so.0.0.0
libpetsc.so
答案 0 :(得分:0)
这就是我解决问题的方法:
./configure --with-pic=1 \
--with-x11=0 --download-openmpi=yes \
--doCleanup=1 --useThreads=0 \
--with-shared-libraries=1 --with-clanguage=Cxx \
--with-c++-support --with-fc=0 --ignore-cygwin-link \
--with-blas-lib="[$VENDOR_LIBS/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_blas95_lp64.a,$VENDOR_LIBS/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.so,$VENDOR_LIBS/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so,$VENDOR_LIBS/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_intel_thread.so,$VENDOR_LIBS/intel/lib/intel64/libiomp5.so]" \
--with-lapack-lib="[$VENDOR_LIBS/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_lapack95_lp64.a]"
所以,是的,我看到我错过了英特尔MKL库(这是错误的一个重要部分,但也是配置中传递的其余参数)。
我不确定这是否对其他人有用,因为这个lib在很多情况下都有很多不同的配置。但是,嘿,谁知道......