单模网络(数据转换)

时间:2015-06-05 13:20:59

标签: dataset transformation network-analysis

我正在寻找在我的数据集中执行网络分析的解决方案。

我的数据库形状如下:

  Table 1 :

            Species a  |  Species b  |  Species c  |  Species x  |
  Relevé 1|     NA             2            2             4
  Relevé 2|     3              NA           1             1
  Relevé 3|     1              2            5             NA
  Relevé x|     5              1            1             NA

在第一列中是相关ID(对于每个采样的图表是唯一的),并且在行中覆盖丰富的物种(如果在图中看到),或者NA(如果没有看到的话)。

从这个数据库中我会得到一个表格,它可以让我分析每个物种之间的链接,如:

Species1 | Species2 | Strenth (number of time the link exists)

示例(根据表1):

Species a | Species b | 2 
Species a | Species c | 3
Species a | Species x | 1 
Species b | Species a | 2
Species b | Species c | 3
Species b | Species x | 1  
Species c | Species a | 3
Species c | Species b | 3
Species c | Species x | 2
...

如果物种之间的联系在至少一个相关物中共存,则认为物种之间的联系是真实的。

如果有人知道该怎么做,那会很有帮助!

修改

另一个有用的解决方案是:

           Species a     |     Species b     |     Species c  |     Species x  |
Species a|      0                   2                  3                 1
Species b|      2                   0                  3                 1
Species c|      3                   3                  0                 2
Species x|      1                   1                  2                 0

此数据框中的结果与表1 ...

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