linux grep和Ruby的扫描结果之间存在差异

Question

我有一个DNA序列列表（每行一个）：

ACTGCTCGGGGG .....

... CGCTCGCTTCTCTC

等

大多数序列包含两个特定的图案，一个接近开始，一个接近结尾。我在中间提取序列：

1. 使用grep：grep "motif1.*motif2" inputfile > outputfile
带有扫描的红宝石中的

2. ，其中sequences是一系列DNA序列：

    sequences.each do |seq|
     tmp=seq.scan(/motif1.*motif2/)[0]
     outputfile << tmp if tmp
    end
   

问题是我得到了不同数量的提取序列。 为什么呢？

Answer 1

Ruby的scan默认返回一个带有匹配的正则表达式部分的数组。 Grep不这样做，如果color设置为auto，它会返回突出显示匹配的整行。要仅从grep检索匹配的部分，请使用-o选项。

grep -o "motif1.*motif2" inputfile > outputfile

上一个命令应保存与ruby扫描相同的输出。