Question

我有两份工作，jobA.sh和jobB.sh.我希望jobA.sh在jobA.sh成功完成后启动。为此我必须得到jobA.sh的jobid号码。但是我的代码的以下部分是有问题的。我的代码给出以下错误。该错误意味着jobB.sh无法启动。代码无法获得jobA.sh的jobid号码。我怎样才能获得jobA.sh的jobid号码？

错误：

提交的批处理作业298784 sbatch：错误：批处理作业提交失败：工作依赖问题

代码正确提交jobA.sh，但它为jobB.sh提供了上述错误。

my $jobidA=0;
my $jobs = "sbatch jobA.sh";
system $jobs || die "Error:\n$jobs\nerror";
# I think the following line captures jobid?
($jobs =~ /^Submitted batch job (\d+)/); 
# And the following line stores jobid?
my $jobidA = $1;

my $jobs2 = "$path/jobB.sh";
my $jobs2 = "sbatch --dependency=afterok:$jobidA $jobB.sh";
system $jobs2 || die "Error:\n$jobs2\nerror";

Answer 1

如果要捕获sbatch命令的输出，则无法使用系统，但必须使用反引号来捕获输出。使用（未经测试的代码）：

my $jobidA=0;
my $jobs = "sbatch jobA.sh";
my $output = `$jobs`
($jobs =~ /^Submitted batch job (\d+)/); 

$jobidA = $1;

my $jobs2 = "$path/jobB.sh";
$jobs2 = "sbatch --dependency=afterok:$jobidA $jobB.sh";
system $jobs2 || die "Error:\n$jobs2\nerror";

Answer 2

我分别测试了以下代码部分。他们都还好。你可以使用它们。

如果jobB依赖于jobA，您可以将以下部分添加到您的代码中。经过测试。

my $jobid1 = 0;
my $jobs = `sbatch jobA.sh`;
$jobs =~ /^Submitted batch job (\d+)/; 
$jobid1 = $1;

my $jobs2 = "$path/jobB.sh";
my $jobs2 = "sbatch --dependency=afterok:$jobid1 $jobB.sh";
system $jobs2 || die "Error:\n$jobs2\nerror";

以下示例包含三个依赖于先前提交的作业的作业。这也经过了测试。

my $jobid1 = 0;
my $jobs = `sbatch jobA.sh`;
$jobs =~ /^Submitted batch job (\d+)/; 
$jobid1 = $1;

my $jobs2 = "$path/jobB.sh";
my $jobs2 = `sbatch --dependency=afterok:$jobid1 $jobB.sh`;
$jobs =~ /^Submitted batch job (\d+)/; 
$jobid2 = $1;

my $jobs3 = "$path/jobC.sh";
my $jobs3 = "sbatch --dependency=afterok:$jobid2 $jobC.sh";
system $jobs3 || die "Error:\n$jobs3\nerror";

如何使用perl脚本获取slurm上提交的作业的jobid号？

2 个答案: