Question

我正在尝试计算列表元素中的公共条目数：

temp<-list(element1=c("a","b","c"), element2=c("b","c","d"), 
           element3=c("d","e","f"), element4=c("a","c","z"))

要获得元素的所有成对组合之间的重叠，此函数有效：

calculate.overlap.2<-function(y){
  pw<-combn(y,2,FUN=function(x)sum(x[[1]]%in%x[[2]]))
  names(pw)<-combn(y,2,FUN=function(x)paste(names(x)[[1]],names(x)[[2]],sep="-"))
  return(pw)
}

为了获得元素的所有三向组合之间的重叠，此函数有效：

calculate.overlap.3<-function(y){
   pw<-combn(y,3,FUN=function(x)sum(x[[1]]%in%x[[2]]&x[[1]]%in%x[[3]]))
   names(pw)<-combn(y,3,FUN=function(x) paste(names(x)[[1]],names(x)[[2]],names(x)[[3]],sep="-"))
   return(pw)
}

但是从功能内部的数字可以看出，这不是一个优雅的解决方案。

将这两个函数概括为一个非常好，并且有一个函数将每个重叠检查中的元素作为输入。也就是说，number.of.elements.per.comparison=2的输入相当于上面的calculate.overlap.2，number.of.elements.per.comparison=3的函数的输入将与calculate.overlap.3相同。

我觉得有一个非常优雅的解决方案，但我看不到它。

Answer 1

这是一种方法：

ix = lapply(seq_along(temp), function(u) combn(seq_along(temp), u))

lapply(ix, function(m){
    res = apply(m,2, function(v) length(Reduce(intersect, temp[v])))
    setNames(res, apply(m, 2, paste, collapse='-'))
})

#[[1]]
#1 2 3 4 
#3 3 3 3 

#[[2]]
#1-2 1-3 1-4 2-3 2-4 3-4 
#  2   0   2   1   1   0 

#[[3]]
#1-2-3 1-2-4 1-3-4 2-3-4 
#    0     1     0     0 

#[[4]]
#1-2-3-4 
#      0

Answer 2

calculate.overlap <- function(y, i){
  pw <- combn(seq_along(y), i, FUN= function(x) {
    res <- length(Reduce(intersect, y[x]))
    names(res) <- paste(names(y[x]), collapse = "-")
    res
  }, simplify = FALSE)
  do.call(c, pw)
}

calculate.overlap(temp, 3)
#element1-element2-element3 element1-element2-element4 element1-element3-element4 element2-element3-element4 
#                         0                          1                          0                          0

Answer 3

在包VennDiagram中，有一个名为calculate.overlap的函数就是这样做的。如果需要查看，您甚至可以查阅列表并查看每个交叉点中的哪些元素。您可以将列表与最多5个子列表重叠。

指向包https://cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/index.html

的链接

对于列表的n个元素中的匹配元素的数量的更一般的函数

3 个答案: