在sun grid engine中提交多个mpirun程序

Question

我想知道如何在Sun Grid Engine的一个作业脚本文件中提交几个mpirun程序。

假设我编译了program1，program2，program3 .. program100 并希望同时运行它们，使每个使用16 cpus 在一个作业脚本中，没有制作100个作业脚本。

mpirun -np 16 program1 &
mpirun -np 16 program2 &
mpirun -np 16 program3 ....

如何将节点分发到Sun Grid引擎中的每个程序？ （我可以将SGE的主机文件拆分为100并将它们提供给每个mpirun吗？）

谢谢。

Answer 1

使用SGE实现该用例的正确方法是使用数组作业：

#$ -cwd
#$ -pe mpi 16
#$ -t 100

mpirun -np $NSLOTS ./program${SGE_TASK_ID}

-t 100参数创建一个包含100个任务的数组作业，每个任务在SGE_TASK_ID环境变量中从1到100接收不同的值。

分割主机文件是不可取的，因为这可能会干扰MPI库与SGE执行和作业监视机制之间的集成。