升级后不会加载R库

Question

我今天将我的R版本从3.1升级到3.2。在这样做的过程中，我将原始库的副本保存在一个单独的文件夹中。安装3.2版之后，我将这些库粘贴到R 3.2的库文件夹中。

这样做之后，我升级了Bioconductor，并更新了它的所有包。

但是，当我尝试在R中加载一些（不是全部）bioconductor包时，我收到以下错误：

library(ballgown) Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'XML', details: call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) error: unable to load shared object '/Users/user/Library/R/3.2/library/XML/libs/XML.so': dlopen(/Users/user/Library/R/3.2/library/XML/libs/XML.so, 6): Library not loaded: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/lib/libR.dylib Referenced from: /Users/user/Library/R/3.2/library/XML/libs/XML.so Reason: image not found Error: package or namespace load failed for ‘ballgown’ 看起来他仍然在寻找旧版3.1中的东西，但我删除了那个文件夹。

这是我在R中的库路径： .libPaths() [1] "/Users/user/Library/R/3.2/library"
[2] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library"

值得注意的是，在RStudio中加载相同的包时，错误不会弹出。我怎么能解决这个问题？

感谢。