我正在为特定问题开发一个自定义引导算法,因为我想要大量的重复,我确实关心性能。在这方面,我对如何正确使用runif有一些疑问。我知道我自己可以运行基准测试,但C ++优化往往很难,我也想了解任何差异的原因。
第一个问题:
第一个代码块是否比第二个更快?
for (int i = 0; i < n_boot; i++) {
new_random = runif(n); //new_random is pre-allocated in class
// do something with the random numbers
}
for (int i = 0; i < n_boot; i++) {
NumericVector new_random = runif(n);
// do something with the random numbers
}
这可能归结为runif是填充左侧还是分配并传递新的NumericVector。
第二个问题:
如果两个版本都分配了一个新的向量,我可以通过在标量模式下一次生成一个随机数来改进吗?
如果您想知道,内存分配占用了我处理时间的相当大一部分。通过优化其他不必要的内存分配,我将运行时间减少了30%,因此它很重要。
答案 0 :(得分:5)
我设置了以下struct
以尝试准确地表示您的情景&amp;促进基准测试:
#include <Rcpp.h>
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
struct runif_test {
size_t runs;
size_t each;
runif_test(size_t runs, size_t each)
: runs(runs), each(each)
{}
// Your first code block
void pre_init() {
Rcpp::NumericVector v = no_init();
for (size_t i = 0; i < runs; i++) {
v = Rcpp::runif(each);
}
}
// Your second code block
void post_init() {
for (size_t i = 0; i < runs; i++) {
Rcpp::NumericVector v = Rcpp::runif(each);
}
}
// Generate 1 draw at a time
void gen_runif() {
Rcpp::NumericVector v = no_init();
for (size_t i = 0; i < runs; i++) {
std::generate_n(v.begin(), each, []() -> double {
return Rcpp::as<double>(Rcpp::runif(1));
});
}
}
// Reduce overhead of pre-allocated vector
inline Rcpp::NumericVector no_init() {
return Rcpp::NumericVector(Rcpp::no_init_vector(each));
}
};
我对以下导出函数进行了基准测试:
// [[Rcpp::export]]
void do_pre(size_t runs, size_t each) {
runif_test obj(runs, each);
obj.pre_init();
}
// [[Rcpp::export]]
void do_post(size_t runs, size_t each) {
runif_test obj(runs, each);
obj.post_init();
}
// [[Rcpp::export]]
void do_gen(size_t runs, size_t each) {
runif_test obj(runs, each);
obj.gen_runif();
}
以下是我得到的结果:
R> microbenchmark::microbenchmark(
do_pre(100, 10e4)
,do_post(100, 10e4)
,do_gen(100, 10e4)
,times=100L)
Unit: milliseconds
expr min lq mean median uq max neval
do_pre(100, 100000) 109.9187 125.0477 145.9918 136.3749 152.9609 337.6143 100
do_post(100, 100000) 103.1705 117.1109 132.9389 130.4482 142.7319 204.0951 100
do_gen(100, 100000) 810.5234 911.3586 1005.9438 986.8348 1062.7715 1501.2933 100
R> microbenchmark::microbenchmark(
do_pre(100, 10e5)
,do_post(100, 10e5)
,times=100L)
Unit: seconds
expr min lq mean median uq max neval
do_pre(100, 1000000) 1.355160 1.614972 1.740807 1.723704 1.815953 2.408465 100
do_post(100, 1000000) 1.198667 1.342794 1.443391 1.429150 1.519976 2.042511 100
所以,假设我解释/准确地表达了你的第二个问题,
如果两个版本都分配了一个新的向量,我可以通过改进 在标量模式下一次生成一个随机数?
使用我的gen_runif()
成员函数,我认为我们可以自信地说这不是最佳方法 - 比其他两个函数慢7.5倍。
更重要的是,要解决您的第一个问题,似乎只需要更快一点就可以初始化&amp;为NumericVector
的输出分配新的Rcpp::runif(n)
。我当然不是C ++专家,但我相信第二种方法(分配给新的本地对象)比copy elision更快。在第二种情况下,看起来好像正在创建两个对象 - =
,v
左侧的对象和(临时的?rvalue?)对象在=
的右侧,这是Rcpp::runif()
的结果。但实际上,编译器很可能会优化这个不必要的步骤 - 我认为这一点在我链接的文章中有所解释:
当无名的临时,未绑定任何引用时,将被移动 或者复制到相同类型的对象中......省略了复制/移动。那个临时的时候 在构造中,它直接在存储器中构造 否则被移动或复制到。
这至少是我对结果的解释。希望能够精通语言的人能够确认/否认/纠正这个结论。
答案 1 :(得分:3)
使用一些实施细节添加到@nrussell的答案......
使用源代码,Luke!绝对适用于此,让我们来看看Rcpp::runif
here的实现:
inline NumericVector runif( int n, double min, double max ){
if (!R_FINITE(min) || !R_FINITE(max) || max < min) return NumericVector( n, R_NaN ) ;
if( min == max ) return NumericVector( n, min ) ;
return NumericVector( n, stats::UnifGenerator( min, max ) ) ;
}
我们看到使用NumericVector
对象调用stats::UnifGenerator
的有趣构造函数。该类的定义是here:
class UnifGenerator__0__1 : public ::Rcpp::Generator<double> {
public:
UnifGenerator__0__1() {}
inline double operator()() const {
double u;
do {u = unif_rand();} while (u <= 0 || u >= 1);
return u;
}
} ;
因此,该类只是一个仿函数 - 它实现了operator()
,因此可以“调用”该类的对象。
最后,关联的NumericVector
构造函数为here:
template <typename U>
Vector( const int& size, const U& u) {
RCPP_DEBUG_2( "Vector<%d>( const int& size, const U& u )", RTYPE, size )
Storage::set__( Rf_allocVector( RTYPE, size) ) ;
fill_or_generate( u ) ;
}
fill_or_generate
函数最终将向下发送here:
template <typename T>
inline void fill_or_generate__impl( const T& gen, traits::true_type) {
iterator first = begin() ;
iterator last = end() ;
while( first != last ) *first++ = gen() ;
}
因此我们可以看到提供了一个(模板化的)生成器函数来填充向量,并且operator()
对象的相应gen
用于填充向量 - 即,在这种情况下,stats::UnifGenerator
对象。
那么,问题是,这次电话会是如何结合在一起的呢?
NumericVector x = runif(10);
我总是因为某种原因忘记了这一点,但我认为这基本上是x
调用结果中runif(10)
的复制构造,但@nrussell也详细说明了这一点。但是,我的理解:
runif
使用NumericVector
元素生成长度为10的runif
- 调用此临时右手对象tmp
,x
的副本构造与上述tmp
相同。我相信编译器将能够忽略该复制结构,因此x
实际上是根据runif(10)
的结果直接构造的,因此应该是有效的(至少在任何合理的优化时)水平),但我可能是错的......