从Label中绘制线到R中的点

Question

我目前正在尝试生成一个自动脚本来创建标记的折线图。此线图将具有1个或更多个最大值，如果它们高于某个阈值，则必须标记。 目前我可以标记最大值。

为此我在校准包中使用textxy（）

然而，当出现多个峰值时，事情变得更加复杂：

很快就很难看到标签的分配位置。所以我想要的是从标签到峰顶（或下面）的一条线。

今天我一整天都没看好运。我在Intelligent point label placement in R

中尝试了所有内容

wordcloud，但不幸的是，它不允许您偏移标签，如果您只有一个标签，则会失败。

识别，太慢了。我需要能够自动执行此操作，以便每天拍摄数千张图像。

pointLabel，thigmophobe.labels都没有工作，因为他们没有划线，而且我还没有处理很多标签。

我还尝试在标签和点之间手动绘制箭头，但这非常耗时。

有没有人知道任何包装或简单方法吗？这不可能自动化吗？

谢谢！ 卡梅伦

Answer 1

您可以尝试labelPeaks包提供的MALDIquant功能。其放置峰标签的算法取自Ian Fellows'wordcloud::wordlayout。

library("MALDIquant")

data("fiedler2009subset")

## a simplified preprocessing to provide some example data
s <- trim(fiedler2009subset[[1]], c(3000, 3500))
r <- removeBaseline(s)
p <- detectPeaks(r)

## plot the peaks and label them
plot(p, ylim=c(0, 30000))
labelPeaks(p, avoidOverlap=TRUE, underline=FALSE, digits=1)

## rotate labels by 90 degree
plot(p, ylim=c(0, 30000))
labelPeaks(p, underline=FALSE, srt=90, adj=c(0, 0.5), col="red")

## label peaks above 5000
plot(p, ylim=c(0, 30000))
labelPeaks(p, index=intensity(p) > 5000)

有关详细信息，请参阅?labelPeaks。