我想创建一个包含此格式的制表符分隔文件:
chr3R 4000000 4005000
chr3R 4005000 4010000
chr3R 4010000 4015000
chr3R 4015000 4020000
...
chr3R 32070000 32075000
chr3R 32075000 32080000
每一行第二列和第三列的值相差5,000。
最好的方法是什么? Pandas还是要创建一个文本文件?
谢谢。
罗德里戈
答案 0 :(得分:2)
使用内置的range
编写快速脚本:
#!/usr/bin/env python
for i in range(4000, 32080, 5):
print "chr3R\t%d\t%d" % (i * 1000, (i + 5) * 1000)
然后管道到这样的文件:
python [script name] > [outfile]