Question

我必须在fortran程序中导入一个MAT文件。我跟着example file，但我在连接时遇到了一些问题。汇编很顺利。

最小代码：

#include "fintrf.h"

PROGRAM main 

USE ssa
USE dmotifs
USE param

IMPLICIT NONE

! MAT-FILE Declarations !

INTEGER matOpen, matGetDir 
INTEGER matGetVariableInfo
INTEGER mp, dir, adir(100), pa
INTEGER mxGetM, mxGetN, matClose
INTEGER ndir, i, clstat
CHARACTER*32 names(100) 

!===========================!

if(all(fnames(:)%fn .NE. argfun)) then
    write(*,*) "No such motif: ",argfun
    write(*,*) "Input format-> main <motifname>"
    stop
else

    fin=fchton(argfun)  
    y0=nM2m*analys(p,argfun)

    ! ==> OPEN MAT-file <== !

    mp=matOpen('./PRMS_lxr_29Apr15.mat','r')

    if (mp .eq. 0) then
         write(6,*) "Can't open MAT-file"
         stop
    end if

    dir = matgetdir(mp, ndir)

      if (dir .eq. 0) then
         write(6,*) "Can't read MAT-file-directory."
         stop
    endif

    call mxCopyPtrToPtrArray(dir, adir, ndir)

    do 20 i=1,ndir
         call mxCopyPtrToCharacter(adir(i), names(i), 32)
 20 continue

    write(6,*) 'Directory of Mat-file:'

    do 30 i=1,ndir
        write(6,*) names(i)
 30 continue

    write(6,*) 'Getting Header info from first array.'
    pa = matGetVariableInfo(mp, names(1))
    write(6,*) 'Retrieved ', names(1)
    write(6,*) '  With size ', mxGetM(pa), '-by-', mxGetN(pa)
    call mxDestroyArray(pa)

    clstat=matClose(mp)

end if
END PROGRAM main

我使用gfortran 4.8.3使用默认命令编译+链接：

gfortran main.f90 dmotifs.o param.o ssa.o -o main

当我不包含#include "finitrf.h"时，此代码编译正常（没有链接），否则编译器会说

Warning: main.f90:1: Illegal preprocessor directive

我尝试将finitrf.h重命名为finitrf.f90，但它没有任何区别。尽管如此，在链接过程中我遇到了这些错误：

main.f90:(.text+0x3ea): undefined reference to `matopen_'
main.f90:(.text+0x487): undefined reference to `matgetdir_'
main.f90:(.text+0x52b): undefined reference to `mxcopyptrtoptrarray_'
main.f90:(.text+0x583): undefined reference to `mxcopyptrtocharacter_'
main.f90:(.text+0x71b): undefined reference to `matgetvariableinfo_'
main.f90:(.text+0x804): undefined reference to `mxgetm_'
main.f90:(.text+0x855): undefined reference to `mxgetn_'
main.f90:(.text+0x89c): undefined reference to `mxdestroyarray_'
main.f90:(.text+0x8b0): undefined reference to `matclose_'
collect2: error: ld returned 1 exit status

我是否需要makefile或在编译命令中添加其他参数？

修改

我添加了-cpp选项，这消除了Illegal preprocessor directive

的问题

现在，当我使用matlab外部组件（其中finitf.h）的路径进行编译时，我仍然遇到同样的错误。

gfortran main.f90 dmotifs.o param.o ssa.o -I/usr/local/matlab2008a/extern/include -L/usr/local/matlab2008a/extern/lib -cpp -o main

如果我提供包含/usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64的其他matlab库的libmat.so的库路径，我仍然会遇到相同的错误。

Answer 1

对于小写文件扩展名*.f90或*.f，预处理器通常会被停用。要启用该功能，请将（主）文件重命名为具有大写扩展名*.F90或*.F，或者为-cpp gfortran提供相应的命令行选项-fpp。 {1}} ifort。

假设在fintrf.h中实际声明了缺少的子例程/函数，这应该可以解决您的问题。

您还应该告诉编译器链接包含Matlab函数的库。

Answer 2

正如Alexander Vogt所指出的，编译器需要-cpp选项才能让预处理器识别头文件，而不是将其视为非法。

链接需要finitrf.h，<matlabroot>/extern/include通常位于<matlabroot>/bin/<arch>/，libmat.so中存在基本库。

但是只是指定它不起作用，并且确切的matlab库的规范似乎是必不可少的;这些是libmx.so和rpath。

这些库依赖于其他库，因此需要另一个标志来设置gfortran main.f90 dmotifs.o param.o ssa.o -I/usr/local/matlab2008a/extern/include -L/usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64 -cpp -o main -lmat -lmx -Wl,-rpath /usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64/。

最后它使用以下命令：

gfortran program.f90 -I<matlabroot>/extern/include -L<matlabroot>/bin/<arch> -cpp -lmat -lmx -Wl, -rpath <matlabroot>/bin/<arch> -o program.out

或一般

另请参阅this帖子，该帖子与var $interval_start_dates = []; // date intervals var $interval_end_dates = []; var $interval_start_milli = []; // convert dates to milliseconds var $interval_end_milli = []; var $interval_start_milli_sorted = []; // sort millisecond dates var $interval_end_milli_sorted = [];中的同一问题有关。

链接导入MAT文件的fortran代码时出错

2 个答案: