ggplot热图无法填充图块

时间:2015-05-12 06:20:06

标签: r ggplot2 heatmap

这个(最小的,自包含的)示例被打破了:

require(ggplot2) 

min_input = c(1, 1, 1, 2, 2, 2, 4, 4, 4)
input_range = c(4, 470, 1003, 4, 470, 1003, 4, 470, 1003)
density = c(
    1.875000e-01,
    5.598958e-04,
    0.000000e+00,
    1.250000e-02,
    3.841146e-04,
    0.000000e+00,
    1.250000e-02,
    1.855469e-04,
    0.000000e+00)       

df = data.frame(min_input, input_range, density)

pdf(file='problemspace.pdf')
ggplot(df, aes(x=min_input, y=input_range, fill=density)) +
    geom_tile()
dev.off()

产:

gapped tiles

为什么会有很大差距?

1 个答案:

答案 0 :(得分:5)

由于您没有所有瓷砖的数据,因此存在差距。如果您想尝试填写它们,您唯一的选择是插值(假设您无法访问其他数据)。理论上,geom_raster()geom_tile()的近亲)支持插值。但是,根据this github issue,该功能目前尚未正常运行。

但是,作为一种解决方法,您可以使用qplot,它只是ggplot的一个包装器:

qplot(min_input, input_range, data=df, geom="raster", fill=density, interpolate=TRUE)

如果您拥有数据的点之间的空间太大,您的图表中仍然会有空格,但这会扩展您可以估算值的范围。

编辑:

根据您发布的示例,这将是输出

enter image description here

正如您所看到的,由于缺少2到4之间的数据点,因此在中间有一条垂直的白色带。