如何在SGE集群上运行不同的多个Rscripts

Question

我试图在SGE群集上运行不同的Rscripts，每个Rscript仅改变一个变量（例如癌症＆lt; - “UVM”或“ACC”等）。

我尝试了两种方法：运行Single Rscript获取30个不同癌症名称的命令行参数

OR

运行每个Rscript（即UVM.r，ACC.r等）

无论哪种方式，我都很难搞清楚如何提交这些作业，所以每次运行一次Rscript 30次，每次运行不同的参数或运行多个没有命令行参数的Rscripts。

Answer 1

你可以在bash中使用while循环。

1. 设置参数的输入文件，例如args.txt：

   UVM
   ACC
   

2. 在qsub循环中运行while以提交每个参数的脚本：

   while read arg
   do 
       echo "Rscript script.R ${arg}" | qsub <options>
   done <args.txt
   

   上面使用echo传递代码以运行到qsub。

Answer 2

像这样的工作脚本：

#!/bin/bash
#$ -t 1-30
shift ${SGE_TASK_ID}
exec Rscript script.R $1 

像这样提交qsub job_script dummy UVM ACC ...