使用make扩展变量中的目录

时间:2015-05-11 14:39:25

标签: r bash variables path makefile

我有一个makefile(下面)用于一个项目,我已经获得了一个" Raw Data" - 来自同事的一组文件,我制作了一个R脚本,对其中一些文件进行分析。然后我想用makefile做的是将目录分配给变量RAWDIR,然后使用该变量指定R脚本的make依赖项,并作为脚本的命令行参数。通常在shell中,当使用双引号和花括号时,会扩展带空格的目录,但我不知道这对于make文件是否也是正确的,就像下面的makefile一样,我收到消息make: *** No rule to make target" " ../原始',pulls'. Stop.需要所以我不认为分配给RAWDIR的文件路径正在正确扩展。

感谢。

RAWDIR="../Raw Data/Fc Project Raw Data"

.PHONY: dirs

pulls: dirs "${RAWDIR}/pm_fc_dnds_cleandata.csv" "${RAWDIR}/fc1_seqs.fasta" "${RAWDIR}/fc2_seqs.fasta" "${RAWDIR}/pm1_seqs.fasta" "${RAWDIR}/pm2_seqs.fasta"
    Rscript Allele_Pulling.R "${RAWDIR}/" "${RAWDIR}/pm_fc_dnds_cleandata.csv"

dirs: 
    mkdir -p -v Pulled_Allelic_Pairs/Unaligned/FC
    mkdir -p -v Pulled_Allelic_Pairs/Unaligned/PM
    mkdir -p -v Pulled_Allelic_Pairs/Unaligned/Both
    mkdir -p -v Pulled_Allelic_Pairs/Unaligned/FC1PM1
    mkdir -p -v Pulled_Allelic_Pairs/Unaligned/FC1PM2
    mkdir -p -v Pulled_Allelic_Pairs/Unaligned/FC2PM1
    mkdir -p -v Pulled_Allelic_Pairs/Unaligned/FC2PM2
    mkdir -p -v Pulled_Allelic_Pairs/Aligned/FC
    mkdir -p -v Pulled_Allelic_Pairs/Aligned/PM
    mkdir -p -v Pulled_Allelic_Pairs/Aligned/Both
    mkdir -p -v Pulled_Allelic_Pairs/Aligned/FC1PM1
    mkdir -p -v Pulled_Allelic_Pairs/Aligned/FC1PM2
    mkdir -p -v Pulled_Allelic_Pairs/Aligned/FC2PM1
    mkdir -p -v Pulled_Allelic_Pairs/Aligned/FC2PM2

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