R中Igraph中的顶点数

Question

我对R中的IGraph很新。

我正在使用IGraph进行社区检测，并且已经使用walktrap技术构建了我的社区/群集。

接下来，在每个聚类中，我想计算每两个特定顶点之间的顶点数。我想这样做的原因是，对于每个顶点XX，我想列出连接到XX的顶点，通过说最多3个顶点，意味着距离XX不超过3个顶点。

任何人都可以帮助在R中如何做到这一点吗？

Answer 1

制作随机图（用于演示）：

g <- erdos.renyi.game(100, 1/25)
plot(g,vertex.size=3)

获取walktrap社区并保存为顶点属性：

V(g)$community<-walktrap.community(g, modularity = TRUE, membership = TRUE)$membership
V(g)$community

现在制作一个只包含一个社区的边和顶点的子图，例如社区2：

sub<-induced.subgraph(g,v=V(g)$community==2)
plot(sub)

制作一个包含所有最短路径的矩阵：

shortestPs<-shortest.paths(sub)

现在计算小于或等于3的最短路径的数量。

我还排除了从每个节点到自身的最短路径（shortestPaths！= 0）。

也除以2，因为对于无向图，每个节点对在矩阵中出现两次。

Number_of_shortest_paths_smaller_3 <- length(which(shortestPs<=3 & shortestPs!=0))/2
Number_of_shortest_paths_smaller_3

希望接近你所需要的，祝你好运！