我正在尝试通过在输出上运行MetaVelvet来改进宏基因组程序集。 'Getting Started' instructions for the MetaVelvet extension不生成Graph2文件，这是MetaVelvet扩展所必需的。
如何生成Graph2文件以便运行MetaVelvet？
答案 0 :(得分：2)
＆＃39;入门＆＃39;指令在velvetg命令中缺少一个标志。如果需要生成Graph2文件，则需要该标志。
以下是这些说明的更正版本：
〜$ velvetg out-dir -read_trkg yes -exp_cov auto -ins_length 260
提示： 如果你使用多个k-mers运行velveth，因此有多个输出文件夹，你可以使用find命令组合每一个而不必每次都运行命令。
想象一下，多个k-mer velveth输出文件夹以＆＃39; pooled_reads＆＃39;开始：
找到。 -name＆＃39; pooled_reads _ *＆＃39; -exec velvetg {} -read_trkg yes -exp_cov auto -ins_length 200 \;
您也可以使用xargs或while循环来执行此操作，但我喜欢find命令。