Question

我试图修改perl脚本。以下是我要修改的部分：

原件：

        system ("tblastn -db $BLASTDB -query $TMP/prot$$.fa \\
             -word_size 6 -max_target_seqs 5 -seg yes -num_threads $THREADS -lcase_masking \\
             -outfmt \"7 sseqid sstart send sframe bitscore qseqid\"\\
             > $TMP/blast$$") && die "Can't run tblastn\n";

我正在尝试用以下内容替换系统（＆＃34; tblastn .....＆＃34;）：

system ("cat $TMP/prot$$.fa | parallel --block 50k --recstart '>' --pipe \\ tblastn -db $BLASTDB -query - -word_size 6 -outfmt \'7 sseqid sstart send sframe bitscore qseqid\' -max_target_seqs 5 -seg yes -lcase_masking > $TMP/blast$$") && die "Can't run tblastn\n";

这用普通的tblastx程序取代了GNU parallel，它管理了tblastx命令。在bash中运行上面的命令（用实际文件替换临时输入）可以很好地工作，但是当perl脚本尝试执行它时，错误日志（对于tblastx）说它在sseqids之后很快就终止了。如果在bash中运行没有转义字符的相同命令，则会发生同样的错误。

由于这个原因，我假设错误是由于＆＃34; 7 ssequids sstart周围的单引号......＆＃34;没有被正确解析。我不确定如何在perl中正确执行嵌套引号。我以为我做得对，因为它通过bash而不是通过perl脚本工作。我查看了很多perl文档，并且所有内容都说转义字符\应该使用引号或双引号。但是对于我的实例它不起作用。

有人可以提供关于为什么没有处理报价的输入吗？

Answer 1

这里的问题几乎可以肯定是引用插值。每次你掏空＆＃39;你打开另一层报价。它在引号内的作用是一个问题，即你是否正在进行双引号" - 它是插值，还是单引号'然后将其作为文字处理，然后传递到下一个 shell。

请参阅perlop了解perl的引用方式。我建议你尝试组装一个这样的命令：

my $parallel = q{parallel --block 50k --recstart '>' --pipe};
my $outfmt = q{'7 sseqid sstart send sframe bitscore qseqid'};

print $parallel,"\n";
print $outfmt,"\n";

my $command = "cat $TMP/prot$$.fa | $parallel \\ tblastn -db $BLASTDB -query - -word_size 6 -outfmt $outfmt -max_target_seqs 5 -seg yes -lcase_masking > $TMP/blast$$";

print $command; 
system ( $command );

（显然检查你的＆＃39;命令在将它传递给系统之前看起来正确）

但我可以建议一种不同的方法吗？如果不是嵌入cat和parallel，您可以在perl中本地执行此操作。

我已经知道我不熟悉你正在运行的命令，但它不是之类的东西：

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

open( my $input, "<", "$TMP/prot$$.fa" ) or die $!;

my $fork_manager = Parallel::ForkManager->new($THREADS);

while ( my $line = <$input> ) {
    $fork_manager->start and next;
    chomp $line;
    system(
        "tblastn -db $BLASTDB -query $line \\
                 -word_size 6 -max_target_seqs 5 -seg yes  -lcase_masking \\
                 -outfmt \"7 sseqid sstart send sframe bitscore qseqid\"\\
                 > $TMP/blast$$"
    ) && die "Can't run tblastn\n";
    $fork_manager->finish;
}
close ( $input );

如果需要输出合并，我可能会切换到使用线程：

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;
use IPC::Open2;
use threads;
use Thread::Queue; 

my $num_threads = 8; 

my $work_q = Thread::Queue -> new(); 
my $results_q = Thread::Queue -> new(); 

sub worker {
    open2 ( my $blast_out, my $blast_in, "tblastn -db $BLASTDB -query - -word_size 6 -outfmt '7 sseqid sstart send sframe bitscore qseqid' -max_target_seqs 5 -seg yes -lcase_masking");
    while ( my $query = $work_q -> dequeue ) {
        print {$blast_in} $query;
        $results_q -> enqueue ( <$blast_out> ); #one line - you'll need something different for multi-line results.
    }
    close ( $blast_out );
    close ( $blast_in ); 
}

sub collate_results {
    open ( my $output, "$TMP/results.$$" ) or die $!; 
    while ( my $result = $results_q -> dequeue ) {
        print {$output} $result,"\n"; 
    }
    close ( $output ); 
}

my @workers; 
for (1..$num_threads) {
    push ( @workers, threads -> create ( \&worker ) ); 
}

my $collator = threads -> create ( \&collate_results ); 

open( my $input, "<", "$TMP/prot$$.fa" ) or die $!;
while ( my $line = <$input> ) {
    chomp $line;
    $work_q -> enqueue ( $line ); 
}
close ( $input );
$work_q -> end;

foreach my $thr ( @workers ) { 
    $thr -> join(); 
}
$results_q -> end;

$collator -> join;

现在我很欣赏这些看起来有点复杂和复杂。但是他们更多的例子是如何将perl扩展到并行，因为通过这样做，你拥有比运行perl更多的范围和灵活性，但是＆＃39;炮轰＆＃39;做事。

Answer 2

引用是一个婊子。引用两次是一个婊子。

首先检查您认为正在运行的内容是否正在运行。这里print STDERR可以创造奇迹。

在你的情况下，我认为这将解决它：

my $TMP = $ENV{'TMP'};
my $BLASTDB = $ENV{'BLASTDB'};
my $cmd = qq{cat $TMP/prot$$.fa | parallel --block 50k --recstart '>' --pipe tblastn -db $BLASTDB -query - -word_size 6 -outfmt \\''7 sseqid sstart send sframe bitscore qseqid'\\' -max_target_seqs 5 -seg yes -lcase_masking > $TMP/blast$$};
print STDERR $cmd,"\n"; # Remove this when it works.
system($cmd) && die "Can't run tblastn\n";

如果您要重新阅读$TMP/blast$$并将其删除，则可以改为：

my $TMP = $ENV{'TMP'};
my $BLASTDB = $ENV{'BLASTDB'};
open(my $fh, "-|", qq{cat $TMP/prot$$.fa | parallel --block 50k --recstart '>' --pipe tblastn -db $BLASTDB -query - -word_size 6 -outfmt \\''7 sseqid sstart send sframe bitscore qseqid'\\' -max_target_seqs 5 -seg yes -lcase_masking}) || die "Can't run tblastn\n";
while(<$fh>) { ... }
close $fh;

这将避免创建临时文件，如果攻击者可以写入$TMP，这也会导致安全漏洞。作为额外的奖励，您将获得更早的数据，因为您不必等到每个工作都完成。

Perl系统中的嵌套引号（）

2 个答案: