Question

我正在编写的代码应该在DNA的正向和反向互补链上找到基因序列的所有开放阅读框（orfs）。为了制作DNA的反向链，我打算使用str.maketrans()将互补碱基相互映射。

#!/usr/bin/env python3.3

import re
import sys
from argparse import ArgumentParser

pattern = re.compile(r'(?=(ATG(?:...)*?)(?=TAG|TGA|TAA))')

dna_seq = 'ATGACGGCTTGTTTCTTTTCTGTGGCTGCGTGA'

    def find_orfs(dna_seq):
        """
        finds all possible open reading frames (orfs)

        :param dna_seq: str, dna sequence
        :return: list, possible open reading frames
        """

        r_comp = dna_seq[::-1].translate(str.maketrans("ATGC","TACG"))
        return list(pattern.findall(dna) + pattern.findall(r_comp))

当我在翻译中运行它时，它有效！它返回正确答案：

['ATGACGGCTTGTTTCTTTTCTGTGGCTGCG']

当我将其作为脚本（版本3.3）运行时，我得到了AttributeError！

AttributeError: type object 'str' has no attribute 'maketrans'

但是当我在解释器（版本3.3）中dir(str)时，我看到了maketrans！什么给了！？

在阅读有关bytes.maketrans()的更改后，我尝试了这一点无济于事。如何在python3.3中获得maketrans()的相同功能？

Answer 1

似乎你的shebang行返回了一个2.7.x版本的python解释器。您可以使用// Load original image as grey scale Mat image = imread("imagename.png", IMREAD_GRAYSCALE); vector<vector<Point>> contours; Mat hierarchy; findContours(image, contours, hierarchy, CV_RETR_EXTERNAL, CV_CHAIN_APPROX_SIMPLE);指定直接路径（更改路径以适应解释器的位置），以便在您不担心可移植性（允许其他用户使用您的文件）时使其工作。有关#!/usr/local/bin/python3.3与#!/usr/bin/env python之间差异的帖子，您可以look here。基本上，前者将使用首先出现在环境#!/usr/local/bin/python上的解释器，在您的情况下为$PATH。

修改的

OP使用shell运行脚本，并使用以下命令：python2.7。这使用默认解释器（在它们的情况下为2.7），它不识别maketrans方法。使用python myscript.py运行脚本解决了问题。

str.maketrans在交互式python中可用，但不是python脚本？

1 个答案: