Question

我有一个csv文件（＆＃34; sumCounts＆＃34;）加载到r中，其中包含一个名为＆＃34; transcript＆＃34;的列。此列中的一行示例如下所示：

TR43890 | c0_g1_i1

我想将此列拆分为两列，名为＆＃34; transcript＆＃34;和＃34;同种型＆＃34;沿着烟斗＆＃34; |＆＃34;字符。

sumCounts <- colsplit(transcript, "|", c("transcript", "isoform"))

我一直收到以下错误：str_split_fixed（string，pattern，n = length（names））中的错误：object＆＃39; transcript＆＃39;找不到

Answer 1

您的问题没有包含足够的信息来了解这是否有效，但我假设您的数据被读入名为sumCounts的数据对象，并且您希望将一个名为transcript的列分成两个。如果是这样的话那么Hadley Wickham的tidyr套餐会做你想要的：

install.packages("tidyr")
require(tidyr)

#sumCounts <- read.csv("sumCounts.csv")

## Toy example:
sumCounts <- data.frame(
  "transcript"=c(
    "TR43890|c0_g1_i1", 
    "TR43890|c0_g1_i1", 
    "TR43890|c0_g1_i1"
  )
)

##  Note that the sep= argument requires a regular expression, for which
##    the pipe argument is a special character and must be escaped:
separate(sumCounts, transcript, c("transcript", "isoform"), sep="\\|")

colsplit in r：将一列分成两列

1 个答案: