寻找共享主题

时间:2015-05-05 06:53:31

标签: python

我需要帮助解决Rosalind中的一个问题,此处是问题的链接以获取更多信息:http://rosalind.info/problems/lcsm/

以下是示例输入:

>Rosalind_1
GATTACA
>Rosalind_2
TAGACCA
>Rosalind_3
ATACA

示例输出为:

AC

这是输入和输出的基本信息:

Given:  A collection of k (k≤100) DNA strings of length at most
        1 kbp each in FASTA format.

Return: A longest common substring of the collection. (If multiple
        solutions exist, you may return any single solution.)

问题是要求找到所有三个序列中存在的最长共享字符串,并且此示例中找到的常见最长字符串为AC

现在,通过编程来解决问题。

我的想法 - 并尝试过 - 是取第一个字符串GATTACA并检查所有符号组合,并检查它是否存在于序列二和三中。

我怎样才能循环遍历所有三个序列的所有可能基础并找到python中最长的主题?

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