在R - join操作中调用UNIX命令

Question

system("join -o 1.2 <(sort new.txt) <(sort t.txt) > t20.txt;")

sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `('
sh: -c: line 0: `join -o 1.2 <(sort new.txt) <(sort t.txt) > t20.txt;'

我怎样才能正确写出来？

Answer 1

正如@nicola所说，您可以将该行放入文件中并将其运行为：

system("bash filename.sh")

如果您想避免创建文件，可以使用bash上的-c选项，如下所示：

system("bash -c 'join -o 1.2 <(sort new.txt) <(sort t.txt) > t20.txt'")

您可以在this answer中的-c选项中阅读更多背景资料。