Question

我正在使用omp来编写像

这样的数组

    mat out(numGenes,8);
    pragma omp parallel for  schedule(static)
        for (int gene2 = 0; gene2< numGenes; gene2++)        
        {
            scna2 = scnaq.col(gene2);
            out(gene2, 0) = myRanksum(scna2(grp1), scna2(grp2));
            out(gene2, 1) = myRanksum(scna2(grp1), scna2(grp3));
            out(gene2, 2) = myRanksum(scna2(grp2), scna2(grp3));
    }

然而，我发现以变量out写的输出是随机顺序的。我的意思是out（1，）没有对应于＆＃34; gene2 = 1＆＃34;的输出。我认为每个作业都是按随机顺序排列的，但out是用公共数组的当前索引编写的。我正在使用http://arma.sourceforge.net/docs.html和Rcpp（http://cran.r-project.org/web/packages/Rcpp/index.html）。

Answer 1

我找出了问题的原因。 gene2变量在pragma中声明，因此它是每个线程的私有变量，并在out变量中随机写入。正确的方法是在pragma之外声明gene2变量。

omp以随机顺序并行写入

1 个答案: