Question

这是我写的fastq脚本的一部分。在脚本的开头，我使用while循环读取文件。

while read Sequence_Name && read Sequence && read Quality_name && read Quality_sequence

该文件由4行批次组成（Sequence_name，Sequence，Quality_name，Quality_sequence）

类似的东西;

@HWI-ST330:304:H045HADXX:1:1101:1162:2055
NAGAACTTGGCGGCGAATGGGCTGACCGCTTCCTCGTGCTTTACGGTATCGCCGCTCCCGATTCGCAGCGCATCGCCTTCTATCGCCTTCTTGACGAGTT
+
#1=DDFFFHHHGHIJJJJIJJJGEGGAFGBHHEHGFBFFDEDECDDA==CB@BDDDDD?;B-<CBDDD>BBBBDDB5<@DDDCDDB@-9ACDDDDB?B<?

这部分是剧本的一部分，给我提问

iq=1
fastq="'!\"#$%&\'\(\)*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\\]^_\`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~"

until  [ $iq -ge ${#Quality_sequence} ]
                 do
                  charSQ=$(expr substr $Quality_sequence $iq 1)
                  if [[ $fastq =~ $charSQ ]] ; then
                     let iq++
                    else
                    echo "invalide format sequence quality"
                   fi
                  done

问题是，根据输入，它不会完成工作。例如

使用此输入：

@SRR1350630.9.1 HWUSI-EAS753_0012:8:1:3888:945 length=22
GAGGTAGTAGATTGTATAGTTA
+SRR1350630.9.1 HWUSI-EAS753_0012:8:1:3888:945 length=22
KKJJNH]NNNNNNN________

它完成了这项工作，但有了这些投入

@SRR1350630.9.1 HWUSI-EAS753_0012:8:1:3888:945 length=22
GAGGTAGTAGATTGTATAGTTA
+SRR1350630.9.1 HWUSI-EAS753_0012:8:1:3888:945 length=22
KKJJNH[NNNNNNN________ #replacing ] by [ give me opposite result

@HWI-ST330:304:H045HADXX:2:2111:20110:84312
GTCGAGGTGCCGTAAAGCACTAAATCGGAACCCTAAAGGGAGCCCCCGATTTAGAGCTTGACGGGGAAAGCCGGCGAACGTGGCGAGAAAGGAAGGGAAG
+
@@<FFFFDFFH>DEGFEGIJGJIJD9;CFCG;@;9?DDCD8AHGEF@84ADB?CD>3@CAACBBBDD@@@??90))5055(22-95<-5(:<ACBB@?8?

它没有收到消息：

invalide format sequence quality

非常感谢帮助我找到原因??

Answer 1

在if测试中尝试引用"$charSQ"？引用起作用的原因是因为没有它，$charSQ中的字符被解释为正则表达式。引用它并将其视为文字字符串 - Etan Reisner

比较char到字符串

1 个答案: