Question

我试图解析NIH的pubmed系统的xml输出。我已经生成了要解析的URL，但是xmlParse（）函数似乎正在添加额外的＆＃34; AND＆＃34;将文本添加到包含运算符的URL中。

例如：

url <- 'http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=smith+m[author]+AND+science[journal]'
di <- xmlParse(url)
dl <- xmlToList(di)

这导致＆＃34; NULL＆＃34; IdList（结果应该在哪里）：

> dl[["IdList"]]
NULL

检查QueryTranslation会显示问题（请参阅：额外AND）：

> dl[["QueryTranslation"]]
[1] "smith+m[author] AND +AND+science[journal]"

知道那里发生了什么吗？这种情况发生在我构建的每个搜索字段或查询类型中，其具有诸如＆＃34; AND＆＃34;之类的运算符。或＆＃34;或＆＃34;。

一个干净的解析，找到20篇论文供参考：

> url <- 'http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=smith+bm[author]'
> di <- xmlParse(url)
> dl <- xmlToList(di)
> length(dl[["IdList"]])
[1] 20

Answer 1

假设您想从头开始而不是我上面提到的包：

首先使用httr来检索有效负载，这不会弄乱网址

library("XML")
library("httr")
url <- 'http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=smith+m[author]+AND+science[journal]'
res <- GET(url)
di <- xmlParse(content(res, "text"))
dl <- xmlToList(di)
unname(unlist(dl[["IdList"]]))

[1] "25745065" "25430773" "25395526" "25104368" "24458648" "24264993" "24052300" "23869013"
[9] "23363771" "22936773" "22116878" "21940895" "21330515" "21097923" "20966241" "20150469"
[17] "19407144" "19150811" "19119232" "19119226"

R：xmlParse不正确＆＃34;添加＆＃34;额外＆＃34; AND＆＃34;到URL链接，解析失败

1 个答案: