我在cox模型上使用effects R package和effect函数。这个函数有一个默认方法，所以它应该适用于任何模型。
当我尝试使用此功能时，我收到此错误：
知道如何解决这个问题以及出了什么问题？
> eff_cf <- effect("TP53:MDM2", model)
Error in mod.matrix %*% mod$coefficients[!is.na(coef(mod))] :
non-conformable arguments
我的模型看起来像这样：
> model
Call:
coxph(formula = Surv(times, patient.vital_status) ~ TP53 + MDM2 +
TP53:MDM2, data = clinForPlot)
coef exp(coef) se(coef) z p
TP53Other -0.163 0.850 0.217 -0.752 4.5e-01
TP53WILD -1.086 0.337 0.277 -3.928 8.6e-05
MDM2(1183.7,1674.7] -0.669 0.512 0.235 -2.851 4.4e-03
MDM2(1674.7,2248.5] -0.744 0.475 0.305 -2.444 1.5e-02
MDM2(2248.5,50339] -0.867 0.420 0.375 -2.308 2.1e-02
TP53Other:MDM2(1183.7,1674.7] 0.394 1.483 0.412 0.958 3.4e-01
TP53WILD:MDM2(1183.7,1674.7] 0.133 1.142 0.413 0.323 7.5e-01
TP53Other:MDM2(1674.7,2248.5] -0.192 0.825 0.517 -0.372 7.1e-01
TP53WILD:MDM2(1674.7,2248.5] 0.546 1.726 0.433 1.260 2.1e-01
TP53Other:MDM2(2248.5,50339] -0.140 0.869 0.650 -0.215 8.3e-01
TP53WILD:MDM2(2248.5,50339] 0.786 2.195 0.484 1.623 1.0e-01
Likelihood ratio test=72.8 on 11 df, p=3.54e-11 n= 1321, number of events= 258
用于模型的模型和data.frame可以使用此代码重现
library(archivist)
model <- loadFromGitub("68eeefba87be70364eb3801cec58eb3d",
user = "MarcinKosinski",
repo = "Museum",
value = TRUE)
clinForPlot <- loadFromGitub("cfa5145e6b98964d5f8b760bf749e426",
user = "MarcinKosinski",
repo = "Museum",
value = TRUE)
知道如何解决这个问题以及出了什么问题？