Question

我在Sun Engine群集中运行了500个作业，而且我遇到了一些问题（群集管理员暂停了我的工作，因为我过度生成了CPU）。代码是用Java编写的。

当我在我的电脑上运行其中一个作业（Ubuntu 14.04），并使用htop命令查看正在进行的操作时，我得到了这个：

我已经看到那些不是单独的进程，而是线程。代码不生成线程，但它们可能是一些Java线程（如垃圾收集器）。第一个问题是：当我在集群上运行相同的测试并使用htop时，我有更多的线程/进程，大约50个（只有一个作业）。有人知道为什么会这样吗？

我在qsub中使用以下选项：

qsub -t 1-500 -l h_rt=05:00:00 -l h_cpu=05:00:00 -l h_vmem=6G -e /some_path/ -o /some_path/ -N all_runs -cwd -m as -M mail@mail ./run.sh

（在run.sh我指定了所有工作。）

使用此qsub命令，每个作业获得1个插槽，并且CPU的使用有时为150 - 200％（ - > 1个插槽是不够的）。我看到群集具有并行环境，因此可以为每个作业分配更多的插槽。这可以通过向-pe smp 4命令添加qsub（或其他一些数字）来完成。

你怎么知道你需要多少个插槽？并且，-pe smp 4将严格限制为最多4个插槽？我的意思是，当一个作业有1个插槽，并且CPU的使用率是200％时，它会影响其他用户的工作。我想确保不会发生这种情况。

如果遗漏了一些重要信息，请告诉我，我会将其添加。