如果区域已经填满，则禁止修补

Question

这对我的代码来说是一个非常艰巨的挑战。首先，我放在这里的代码不可运行，因为我使用的是Excel工作表（但如果有人想尝试使用我的代码，我很乐意通过电子邮件发送）。

我所拥有的是Excel表格，其中包含我拍摄的显微图像中的横截面纤维数据。信息基本上是：location部分，area，angle轮换。

由此我计算出方向角Phi和Gamma。之后，我使用散射函数为每个Phi角度值绘制不同颜色的点。我使用恒定的颜色10度范围。这给了我一张这样的照片：

现在我的目标是计算每个同质区域的面积。因此，我想方设法绘制让我们说-10 +10区域内的所有点（我现在做20度，但之后会做10度）。我看了一下，得到了这样一张照片：

白色对应于点在我选择的范围内。之后，我使用MATLAB中的工具箱将每个点转换为一个像素。因此，我将获得带有大量白色像素的黑色背景，然后使用imdilate制作圆圈，填充孔并使用特定颜色隔离每个区域。最后，我使用函数边界和补丁，创建每个边界并用颜色填充它们。我得到一张这样的照片：

这就是我想要的，我可以得到每个区域的面积和总面积（我用了一个阈值来丢弃小区域）。然后我为每个区域运行代码几次，然后使用imfuse将它们重新组合在一起，看看它是什么样的。

问题是，它们重叠很多，这是因为我的数据中存在一些错误，因此一些蓝点将处于红色等等。 所以我想运行一次代码，然后当我用另一个范围重新运行它时，它会做同样的事情，但是在之前已经绘制过的东西时没有考虑到值。

我尝试这样做，在运行一次之后，保存矩阵bw4并在绘制黑白图片时添加条件，通过说Phi是否在我的范围内并且此处没有白色然后你可以放白色，否则它是黑色的。但它似乎没有用。

我理解这是一个相当复杂的事情要解释，但我会感激任何想法，并开放通过电子邮件或其他方式聊天。我现在正在提供完整的代码，如果您想在计算机上运行并亲自查看，我可以将Excel表格发送给您。

clearvars -except data colheaders bw4
close all
clc
%%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%% CHANGE DATA FOR EACH SAMPLE %%%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

cd 'C:\Users\dkarta\Desktop\Sample 12\12.6'
data=xlsread('Sample12_6res.xlsx');

cd 'C:\Users\dkarta\Documents\MATLAB'

%data=Sample121res; % Data name
imax=length(data); % Numbers of rows in data sheet
y=11900; % Number of pixels in the y on image j
%%

data(:,15)=data(:,9)*pi/180; % Convers Column 9 (angle of rotation) in rads
data(:,16)=y-data(:,6); % Reset the Y coordinate axis to bottom left
delta = 0 : 0.01 : 2*pi; % Angle in paramteric equations 
theta=45*pi/180; % Sample cutting angle in rads

%AA=[data(:,5)' data(:,16)' phi']
% Define colors
beta=acos(data(1:imax,8)./data(1:imax,7));%./acos(0);
phi=atan(sin(beta).*cos(data(1:imax,15))./(sin(theta)*sin(beta).*sin(data(1:imax,15))+cos(theta)*cos(beta)))/(pi/2);
phi2=phi/2+1/2; % Scales in plane angle phi between 0 and 1
gamma=atan((cos(theta)*sin(beta).*sin(data(1:imax,15))-sin(theta)*cos(beta))./...
    (sin(theta)*sin(beta).*sin(data(1:imax,15))+cos(theta)*cos(beta)))/(pi/2);
gamma2=gamma+1/2; % Scales out of plane angle gamma between 0 and 1 
%%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%% MESHGRID AND COLOURMAP %%%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
x1=data(1:imax,5);
y1=data(1:imax,16);
z1=phi*90;
z2=gamma*90;
n=300;
%Create regular grid across data space
[X,Y] = meshgrid(linspace(min(x1),max(x1),n), linspace(min(y1),max(y1),n));

% Creating a colormap with 10 degree constant colors
map4=[0 0 1;0 1/3 1;0 2/3 1; 0 1 1;0 1 2/3;0 1 1/3;0 1 0;1/3 1 0;2/3 1 0;1 1 0;1 0.75 0;1 0.5 0;1 0.25 0;1 0 0;0.75 0 0.25;0.5 0 0.5;0.25 0 0.75; 0 0 1];
Colormap4=colormap(map4);
h=colorbar;
caxis([-90 90])
set(h, 'YTick', [-90:10:90])
%%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%% PLOT USING SCATTER - ISOLATE SOME REGIONS %%%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
a=-10; % Lower boundary for angle interval
b=10; % Upper boundary for angle interval
c=z1>a & z1 < b;
c=c.*1;
%j=1;

y1=(y1-min(y1)+1);
y2=max(y1)-y1+1;
[X1,Y1]=meshgrid(1:500,1:500);
griddata(x1,y2,c,X1,Y1);
clear c1


for i=1:imax
    if z1(i)< b && z1(i)> a %&& bw4(round(y1(i)),round(x1(i))) == 0
        c(i) = 1;
        c1(round(y2(i)),round(x1(i)))=1;
    else
        c(i)= 0;
        c1(round(y2(i)),round(x1(i)))=0;
    end

end
C=[c c c];

%c(find(c==0)) = NaN;
%contourf(X,Y,griddata(x1,y1,c,X,Y),100,'EdgeColor', 'None')
figure(1), scatter(x1,y1,3,z1,'filled');
axis equal
axis ([0 8000 0 12000]) 
axis off
figure(2), scatter(x1,y1,3,C,'filled');
axis equal
axis ([0 8000 0 12000]) 
axis off


se=strel('disk',50,8);
bw2=imdilate(c1,se);
bw4=bwlabel(bw2);
bw3=imfill(bw4,'holes');
max(bw4(:));
figure(3),imshow(c1,'InitialMagnification', 10);
figure(4), imshow(bw2,'InitialMagnification', 10);
figure(5), imshow(bw3,'InitialMagnification', 10);
figure(6),imshow(label2rgb(bw4),'InitialMagnification', 10);

k=ones(max(bw4(:)),1);
clear bw5
for i=1:length(x1)
    if bw3(round(y2(i)),round(x1(i))) ~= 0
        m=bw3(round(y2(i)),round(x1(i)));
        bw5{m}(k(m),1)=x1(i); bw5{m}(k(m),2)=y2(i);
        k(m)=k(m)+1;
    end
end

figure(7), imshow(~c1,'InitialMagnification', 10);
hold on 
for i=1:max(bw4(:))
    %scatter(bw5{i}(:,1),bw5{i}(:,2))
    j = boundary(bw5{i}(:,1),bw5{i}(:,2),0.5);
    %poly=convhull(bw5{i}(:,1),bw5{i}(:,2));
    %plot(bw5{i}(poly,1),bw5{i}(poly,2)), title('convhull')
    if polyarea(bw5{i}(j,1),bw5{i}(j,2))> 10^5;
        patch(bw5{i}(j,1),bw5{i}(j,2),'r'), title('boundary')
        indexminy(i)=find(min(bw5{i}(:,2)) == bw5{i}(:,2));
        indexminx(i)=find(min(bw5{i}(:,1)) == bw5{i}(:,1));
        indexmaxy(i)=find(max(bw5{i}(:,2)) == bw5{i}(:,2));
        indexmaxx(i)=find(max(bw5{i}(:,1)) == bw5{i}(:,1));
        %xmin = bw5{i}(indexminx); xmax = bw5{i}(indexmaxx); 
        %ymin = bw5{i}(indexminy); ymax = bw5{i}(indexmaxy);
        str=[(indexminx(i)+indexmaxx(i))/2,(indexminy(i)+indexmaxy(i))/2,'Region no.',num2str(i)];
        text((min(x1(i))+max(x1(i)))/2,(min(y1(i))+max(y1(i)))/2,str)
        polya(i)=polyarea(bw5{i}(j,1),bw5{i}(j,2));
    end
end
spolya=sum(polya(:))
print -dpng -r500 B

只是为了向您展示我融合其中几个时的更多照片：

当我融合时：

你可以看到它们重叠，我不想要，所以我希望我创建的每个图像都“知道”我在之前的运行中正在做什么，这样它就不会重叠。我想获得每个区域的百分比区域，如果它们重叠，我就不能使用我的样本的实际总面积，结果是错误的。

Answer 1

我没有matlab工作，但这是你需要做的。

首次运行时，使用与图像大小相等的零数组

already_taken = zeros(size(bw3));

然后在每次运行中，您可以填充此迭代所采用的区域。因此，在代码的最后，将输出保存到png，将其读回到

之类的内容

this_png = rgb2gray(imread(current_png_path))>threshold;

通过进行一些阈值处理将其转换为逻辑数组，并将这些值添加到已经采用的值中。所以在代码的最后，做一个

already_taken = already_taken | this_png; % You might need to check if you need a single | or a double ||

所以现在你有一个已拍摄像素的图像，生病了，确保我不允许bw2在第一时间取这些值

bw2(already_taken) = 0;

在代码的最后，当我想写我的png时，我的智能边界创建可能会再次进入已经进入的区域，所以再次我必须进行一些检查。据我所知，这个边界是基于你的bw5创建的。所以，无论你填写这个矩阵，试着像上面对bw2那样进行类似的检查。

我希望这会有所帮助。