Question

我有一个可以从控制台执行的perl脚本，如下所示：

perl perlscript.pl -i input.txt -o output.txt --append

我想从我的python代码中执行这个脚本。我发现subprocess.Popen可以用来连接到perl，我可以用它传递我的参数。但是，我还想传递一个变量（通过拆分文本文件）来代替input.txt。我尝试了以下但它似乎没有工作，并在第8行给出了明显的TypeError：

import re, shlex, subprocess, StringIO
f=open('fulltext.txt','rb')
text= f.read()
l = re.split('\n\n',str(text))
intxt = StringIO.StringIO()
for i in range(len(l)):
    intxt.write(l[i])
    command_line='perl cnv_ltrfinder2gff.pl -i '+intxt+' -o output.gff --append'
    args=shlex.split(command_line)
    p = subprocess.Popen(args)

还有其他解决方法吗？

编辑：以下是文件fulltext.txt的示例。条目由一条线分隔。

Predict protein Domains 0.021 second
>Sequence: seq1 Len:13143 [1] seq1 Len:13143 Location : 9 - 13124 Len: 13116 Strand:+ Score    : 6 [LTR region similarity:0.959] Status   : 11110110000 5'-LTR   : 9 - 501 Len: 493 3'-LTR   : 12633 - 13124 Len: 492 5'-TG    : TG , TG 3'-CA    : CA , CA TSR      : NOT FOUND Sharpness: 1,1 Strand + : PBS   : [14/20] 524 - 543 (LysTTT) PPT   : [12/15] 12553 - 12567

Predict protein Domains 0.019 second
>Sequence: seq5 Len:11539 [1] seq5 Len:11539 Location : 7 - 11535 Len: 11529 Strand:+ Score    : 6 [LTR region similarity:0.984] Status   : 11110110000 5'-LTR   : 7 - 506 Len: 500 3'-LTR   : 11036 - 11535 Len: 500 5'-TG    : TG , TG 3'-CA    : CA , CA TSR      : NOT FOUND Sharpness: 1,1 Strand + : PBS   : [15/22] 515 - 536 (LysTTT) PPT   : [11/15] 11020 - 11034

我想将它们分开并将每个条目块传递给perl脚本。所有文件都在同一目录中。

Answer 1

您可能对os module感兴趣和string formatting

修改

我想我现在理解你想要的东西。如果我错了，请纠正我，但我想：

您想将fulltext.txt拆分为块。

每个块都包含一个seq（数字）

您希望为每个块运行一次perl脚本，并将seq（number）
作为输入文件

如果这是你想要的，你可以使用以下代码。

import os in_file = 'fulltext.txt' seq = [] with open(in_file,'r') as handle: lines = handle.readlines() for i in range(0,len(lines)): if lines[i].startswith(">"): seq.append(lines[i].rstrip().split(" ")[1]) for x in seq: command = "perl perl cnv_ltrfinder2gff.pl -i %s.txt -o output.txt --append"%x os.system(command)

Answer 2

The docs for --infile option：

输入文件的路径。如果未提供输入文件，则为程序期待来自STDIN的输入。

您可以省略--infile并通过管道（stdin）传递输入：

#!/usr/bin/env python
from subprocess import Popen, PIPE

with open('fulltext.txt') as file: # read input data
    blocks = file.read().split('\n\n')

# run a separate perl process for each block
args = 'perl cnv_ltrfinder2gff.pl -o output.gff --append'.split()
for block in blocks:
    p = Popen(args, stdin=PIPE, universal_newlines=True)
    p.communicate(block)
    if p.returncode != 0:
        print('non-zero exit status: %s on block: %r' % (p.returncode, block))

您可以同时运行多个perl脚本：

from multiprocessing.dummy import Pool # use threads

def run((i, block)):
    filename = 'out%03d.gff' % i
    args = ['perl', 'cnv_ltrfinder2gff.pl', '-o', filename]
    p = Popen(args, stdin=PIPE, universal_newlines=True, close_fds=True)
    p.communicate(block)
    return p.returncode, filename

exit_statuses, filenames = zip(*Pool().map(run, enumerate(blocks, start=1)))

并行运行多个（等于系统上CPU的数量）子进程。您可以指定不同数量的工作线程（传递给Pool()）。

从python调用带有变量输入和文件输出的perl脚本作为参数

2 个答案: