如何在python中打开文本文件作为字符矩阵？

Question

我有一个.fa文件，其中包含一些核苷酸的secuences列表。它是这样的

  

AGCTAGAGAGACTAGACTAGA

     

GATCAGTACATGATCTAGGAT

     

GATAGTACATGGGGGATAGAC

我需要以某种方式在python中打开文件并创建一个2-dim数组，其中包含.fa文件的行和每列中的文件的字母。谢谢你的帮助!!!!

Answer 1

如果您对将矩阵作为列表列表感兴趣，可以使用列表理解轻松完成。

1   762097  6706109 6   gain
1   7202143 7792617 3   gain
1   8922949 9815420 1   loss
1   10502346    11074110    3   gain
1   11188922    12267136    1   loss
1   12566829    13910626    4   gain

另一方面，如果您希望使用with open("myfile.fa","rt") as infile: matrix = [list(line.strip()) for line in infile.readlines()] print matrix 矩阵（请注意，这需要您安装numpy）：

numpy