在我正在制作的程序的这一部分中,我现在将一个简单的字母序列转换为fasta格式。我需要采用这种fasta格式并放入一个文件格式,以便我可以将它发送到稍后将在代码中的程序。在第3行,我创建了“fasta.txt”。我需要将第8行的输出fastaform放在该文件中。在最后一行我尝试这样做,但它不起作用,我不知道如何。我觉得这应该很简单,但我是新手。
infname = sys.argv[2]
handle = open(infname, "r")
file = open("fasta.txt", "w")
for line in handle:
linearr = line.split()
seqid = linearr[0]
seq = linearr[1]
fastaform = (">%s\n%s\n" % (seqid,seq))
print fastaform >> "fasta.txt"
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file.write(fastaform)
file.close()