通过工作区

时间:2015-04-22 14:42:48

标签: r

我有多个物体来自多配对壁炉架测试。有所有称为tmp1,tmp2,...,tmpn并具有以下结构:

str(tmp1)
 num [1:2, 1:1326] 0.348 0.001 0.221 0.001 -0.133 ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : chr [1:2] "statistic" "signif"
  ..$ : chr [1:1326] "1" "2" "3" "4" ...

测试统计数据在tmp1 [1,]中,pmp在tmp1 [2,]中。 我想将以下代码应用于工作空间中名为tmp ...的每个对象:

FDR.tmp1 <- p.adjust(tmp1[2,], method = "fdr")
f1 <- approxfun(tmp1[2,],FDR.tmp1, rule=2)
pval1 <- uniroot(function(x) f1(x)-.05, c(1,.001))$root
pdf("tmp1.pdf", height="5", width="5")
sig1 <- length(which(tmp1[2,]<pval1))
plot(tmp1[1,], tmp1[2,])
abline(h=0.05, col="red")
abline(h=pval2, col="blue")
dev.off()

这基本上将测试统计的p值调整为多次测试,并根据FDR 计算显着性阈值(如果您对此方法的有效性有任何异议,请告知)。 我想存储每个函数和调整后的p值,其名称类似于与它们相关的tmp对象。

谢谢! 很抱歉没有提供样本数据,我不知道如何输出这些大型tmp对象的子样本。

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