R,纵向数据疾病建模,功能二元缓解指标

时间:2015-04-22 03:04:50

标签: r math sum medical

你好我在R中有一个数据帧,相当大的600行/观察

一列是患者ID,不是数字形式,例如ju89,ju87,所以它是一个因子列

一列是1/0,其中1表示缓解0表示不缓解

一栏是诊断时间

现在,从诊断开始患者从1到0,0到0,0到1或1到1

我想在数据框中添加一列 1当患者缓解0时

2当确切的患者有1例缓解时,最后一次他有0或OR有1缓解,最后一次他有1缓解或1缓解,这是他的第一次观察

3当患者缓解1次,最后2次或更多次缓解1次

我在plyr中用暨总和做了这个,但它不适合我想做的事情或者不太清楚如何适应

数据框已经排序,以便患者ID彼此相邻,并且每个患者从诊断开始的时间随着您读取数据框而增加

由于机密性,我无法提供数据框,但此处澄清事情是什么

缓解时间从diag patientid ...(其他变量)

这是我开始使用的数据:

patientId  timefromdiagnosis  remission
ju67       1.2                1
ju67       1.6                0
ju67       3                  0
ju88       1.5                1
ju88       2                  1
ju23       1.9                1
ju23       5                  0

以下是我想要的,疾病阶段是我想要的专栏:

patientId  timefromdiagnosis  remission  disease stage
ju67       1.2                1          2
ju67       1.6                0          1
ju67       3                  0          1
ju88       1.5                1          2
ju88       2                  1          2
ju23       1.9                1          2
ju23       5                  0          1
ju38       1.7                1          2
ju38       1.9                1          2 
ju38       3                  1          3
ju38       4                  1          3
ju38       5                  0          1

注意患者ju38如何达到3,因为他已连续3次缓解,包括现在的时间(缓解最后两次和现在),然后他停留在3,因为他只是有另一种缓解,然后他进入疾病阶段1,因为他缓解为0。

患者ju88在t = 2时缓解并且在上次t = 1.5时有缓解,但这只是连续两次缓解,包括t = 2,因此他处于疾病阶段2

病人ju23在t = 1.9,缓解1,这是对他的第一次观察,因此他满足了疾病阶段2的批评,如果他的缓解率为0,他将处于疾病阶段1

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