Question

如何为这个特殊的netCDF文件提供合适的时间轴？

“时间”作为维度和变量存在，但是时间变量使用“serial \ date \ number”作为其维度。

有两个挑战： 1.变量与维度问题;和 2.“serial \ date \ number”似乎表示某些系统上的空格（带有反斜杠分隔符），但在其他系统上有下划线（“serial_date_number”）。

netcdf 
dimensions:
 lon = 80 ;
 lat = 41 ;
 pres = 27 ;
 time = 12053 ;
 serial\ date\ number = 12053 ;
variables:
 double u_mjo(time, pres, lat, lon) ;
 double lon(lon) ;
 lon:units = "degrees_east" ;
 double lat(lat) ;
 lat:units = "degrees_north" ;
 double p_level(pres) ;
 p_level:units = "hPa" ;
 double time(serial\ date\ number) ;
 time:units = "days since 0000-01-01 00:00 UTC" ;
  ...

Answer 1

以下是对我有用的程序仅使用NCO命令（没有ncdump / manual edit / ncgen步骤）：

从OPeNDAP数据集中提取4个时间步骤到本地netCDF文件allfields.nc：

   ncks -d time,0,3 -d serial_date_number,0,3
    http://weather.rsmas.miami.edu/repository/opendap/synth:100ae90b-71ac-4d38-add9-f8982a976322:L2FsbGZpZWxkcy5uYw==/entry
    -O allfields.nc

将time变量解压缩到单独的文件time.nc：

ncks -v time allfields.nc time.nc

将除 {em} time变量之外的所有提取到单独的文件fixed.nc（这也会删除有问题的serial_date_number维度）：

ncks -C -x -v time allfields.nc fixed.nc

将维serial_data_number重命名为time：

ncrename -O -d serial_date_number,time time.nc

将文件固定时间附加到文件中：

ncks -A time.nc fixed.nc

我在此工作流程中使用和创建的文件可以在此处看到： http://geoport.whoi.edu/thredds/catalog/usgs/data2/rsignell/models/mapes/catalog.html

Answer 2

将original.nc转换为fixed.nc解决2个挑战的解决方案是（在经过多次争论之后）：

# 1. extract time from the original.nc file to create a new file with only time:
 ncks -v time original.nc time.nc

# 2. remove the time variable from original.nc (which removes the problematic `serial_date_number dimension`)
 ncks -C -x -v time original.nc fixed.nc

#3. Fix the time.nc file manually, with a text editor:
 ncdump time.nc > time.txt   # dump netCDF to text
    ## text-edit time.txt to fix up header, 
    ## creating time = UNLIMITED ; // (12053 currently)
 ncgen -o newtime.nc < time.txt   # remake netCDF from text

# 4. Finally, concatenate the new time variable file into fixed.nc
 ncks -A newtime.nc fixed.nc

Answer 3

On Ubuntu 14.04 I was able to do:

ncrename -v variable\ with\ whitespace,variable_with_whitespace filein.nc fileout.nc

尺寸称为＆＃34;时间＆＃34;存在，但可变＆＃34;时间＆＃34;使用不同的维度

3 个答案: