Question

我在下面的代码中遇到了一些问题：

输入：li是嵌套列表，如下所示：

li = [['>0123456789 mouse gene 1\n', 'ATGTTGGGTT/CTTAGTTG\n', 'ATGGGGTTCCT/A\n'],   ['>9876543210 mouse gene 2\n', 'ATTTGGTTTCCT\n', 'ATTCAATTTTAAGGGGGGGG\n']]

使用下面的功能，我想要的输出只是'＆gt;'后面的第2到第9位数字在整个子列表中存在的'/'的数量是> 1。

相反，我的代码给出了所有条目的数字。而且，它给了他们多次。因此，我认为我的计数器和我的for循环有问题。我无法理解这一点。

任何帮助，非常感谢。

import os

cwd = os.getcwd()


def func_one():
    outp = open('something.txt', 'w')       #output file
    li = []
    for i in os.listdir(cwd):           
        if i.endswith('.ext'):
            inp = open(i, 'r').readlines()
            li.append(inp)
    count = 0
    lis = []
    for i in li:
        for j in i:
            for k in j[1:]          #ignore first entry in sublist
                if k == '/':
                    count += 1
                if count > 1:
                    lis.append(i[0][1:10])      
                    next_func(lis, outp)

谢谢， S： - ）

Answer 1

您的缩进可能有误，您应该在count > 1循环中检查for j in i，而不是检查j[1:]中每个字符的内容。

此外，这是一个更简单的方法来做同样的事情：

def count_slashes(items):
    return sum(item.count('/') for item in items)

for item in li:
    if count_slashes(item[1:]) > 1:
        print item[0][1:10]

或者，如果您需要列表中的ID：

result = [item[0][1:10] for item in li if count_slashes(item[1:]) > 1]

Python list comprehensions和generator expressions是非常强大的工具，尝试学习如何使用它们，因为它会让您的生活变得更加简单。上面的count_slashes函数使用生成器表达式，我的上一个代码片段使用列表推导以简洁的方式构造结果列表。

Answer 2

Tamás提出了一个很好的解决方案，尽管它采用了与你不同的编码风格。尽管如此，由于您的问题是“我在下面的代码中遇到了一些问题”，我认为还需要更多的内容。

如何在将来避免这些问题

你在制定实际工作代码的过程中遇到了一些错误，从“我想我知道如何编写这段代码”。

您正在为变量使用无意义的名称，因此几乎无法理解您的代码，包括您自己。 “我知道每个变量意味着什么”的想法显然是错误的，否则你本可以自己解决这个问题。请注意下面，我修改代码的地方，描述和讨论代码的难度。

您正试图立即解决整个问题，而不是将其分解成碎片。编写只做一件事的小函数或代码片段，一次一件。对于您正在处理的每件作品，请将其正确并进行测试以确保其正确无误。然后继续写其他可能使用你已经获得的作品。我说的是“碎片”，但通常这意味着功能，方法或类别。

修复代码

这就是你要求的，没有其他人这样做过。

您需要将count = 0行移至for i in li:行之后（适当缩进）。这将重置每个子列表的计数器。其次，一旦附加到lis并运行next_func，就需要突破for k in j[1:]循环和包含for j in i:循环。

这是一个有效的代码示例（没有next_func，但你可以在追加旁边添加）：

>>> li = [['>0123456789 mouse gene 1\n', 'ATGTTGGGTT/CTTAGTTG\n', 'ATGGGGTTCCT/A\n'],   ['>9876543210 mouse gene 2\n', 'ATTTGGTTTCCT\n', 'ATTCAATTTTAAGGGGGGGG\n']]
>>> lis = []
>>> for i in li:
        count = 0
        for j in i:
            break_out = False
            for k in j[1:]:
                if k == '/':
                    count += 1
                if count > 1:
                    lis.append(i[0][1:10])
                    break_out = True
                    break
            if break_out:
                break

>>> lis
['012345678']

重新编写代码以使其可读

这样你就可以在我回答的开头看到我的意思了。

>>> def count_slashes(gene):
    "count the number of '/' character in the DNA sequences of the gene."
    count = 0
    dna_sequences = gene[1:]
    for sequence in dna_sequences:
        count += sequence.count('/')
    return count
>>> def get_gene_name(gene):
    "get the name of the gene"
    gene_title_line = gene[0]
    gene_name = gene_title_line[1:10]
    return gene_name
>>> genes = [['>0123456789 mouse gene 1\n', 'ATGTTGGGTT/CTTAGTTG\n', 'ATGGGGTTCCT/A\n'],   ['>9876543210 mouse gene 2\n', 'ATTTGGTTTCCT\n', 'ATTCAATTTTAAGGGGGGGG\n']]
>>> results = []
>>> for gene in genes:
        if count_slashes(gene) > 1:
            results.append(get_gene_name(gene))

>>> results
['012345678']
>>>

Answer 3

import itertools
import glob

lis = []
with open('output.txt', 'w') as outfile:
    for file in glob.iglob('*.ext'):
        content = open(file).read()
        if content.partition('\n')[2].count('/') > 1:
            lis.append(content[1:10])
            next_func(lis, outfile)

您对所有条目进行数字处理的原因是因为您没有重置计数器。

Python - 制作计数器，制作循环？

3 个答案: