我想了解psych包中的principal()函数如何计算$ score元素。
我想尝试协方差矩阵而不是相关矩阵。
model <- principal(mtcars[8:11],nfactors=4, rotate='none', scores=T, cov=T)
基本上,PCA的分数应该是原始居中数据的线性组合,使用加载矩阵作为权重,所以我试过:
test <- scale(mtcars[8:11], center=T, scale=F) %*% model$loadings / model$scores
我理解principal()
函数对加载使用某种缩放,但是每列的比例应该相同,test
的情况并非如此。
如果我使用相关矩阵,这将不是问题。例如:
model <- principal(mtcars[8:11],nfactors=4, rotate='none', scores=T, cov=F)
test <- scale(mtcars[8:11], center=T, scale=T) %*% model$loadings / model$scores
帮助文档使用了因子分析术语,这让我更加困惑。希望有人能在这里启发我。
提前谢谢!
答案 0 :(得分:1)
您在psych
包中发现了一个错误。对于非标准化(协方差)解决方案,发现分数不正确。这将在下一个版本中修复(至少一个月内不会出现)。在此期间,您可以使用加载矩阵和(居中的)原始数据手动找到分数。
model <- principal(mtcars[8:11],nfactors=4, rotate='none', scores=T, cov=T)
L <- model$loadings # Just get the loadings matrix
S <- model$scores # This gives an incorrect answer in the current version
d <- mtcars[8:11] # get your data
dc <- scale(d,scale=FALSE) # center the data but do not standardize it
sc <- dc %*% L # scores are the centered data times the loadings
lowerCor(sc) #These scores, being principal components
# should be orthogonal
PC1 PC2 PC3 PC4
PC1 1
PC2 0 1
PC3 0 0 1
PC4 0 0 0 1
当你发现psych
的问题没有在这里得到解答时,写信给我(包开发者)会很有用。
请注意,对于未旋转的解决方案,组件加载也是正交的(因为它们应该是)。
factor.congruence(L,L)
PC1 PC2 PC3 PC4
PC1 1 0 0 0
PC2 0 1 0 0
PC3 0 0 1 0
PC4 0 0 0 1
(Burt的因子同余度量,也称为Tucker系数,取出(未中心)加载的内积,然后除以各列的平方和)。您还可以找到负载的交叉产品
round( t(L) %*% L,3)
PC1 PC2 PC3 PC4
PC1 2.742 0.000 0.000 0.000
PC2 0.000 0.721 0.000 0.000
PC3 0.000 0.000 0.142 0.000
PC4 0.000 0.000 0.000 0.051