Question

我有一组n个图形，我必须生成一个三角形n x n矩阵，其中图形之间的距离。我做了非并行程序，这意味着我有计算no的函数。每对2个大小为n1和n2的图形的顶点，No_MaxCommonSubgraph（graph1，graph2，n1，n2）我有2个嵌套，并构造矩阵。它工作正常。我把第一个变成了foreach，我有

foreach(i <- 1:n-1)
    for(j in i:n){
       nn <- No_MaxCommonSubgraph(graph1,graph2,n1,n2)
       mat[i,j] <- max(n1,n2)-nn ##this should construct the matrix
}

问题在于，当我离开foreach时，矩阵垫的所有值都为NA。我尝试将矩阵文件写入foreach，逐行写入for j，但它以不同的顺序写入行，因为行是由核心计算的。有时在另一行内写一行。

我使用Linux comp。有12个核心，我可以使用另一个comp。有8个核心。对于图表大小8，我有11117个图表，我必须直到9或10。我是R的新人。

Answer 1

使用foreach：

 m2 <-foreach(i=1:(len-1), .combine='rbind', .multicombine=TRUE) %dopar% {     
        f_foreach(erg, i, len)}

所以

在%dopar%

foreach

函数“f_foreach()”返回一个向量，并在.combine='rbind'中使用“foreach”，它组合了向量以形成矩阵m2作为foreach的结果
f_foreach()内是

R中三角形图距离矩阵的并行生成

1 个答案: