如何计算Octave中的红细胞/圆圈3.8.2

Question

我有一组细胞的图像，我需要计算它们。我使用bwlabel进行了类似的练习，但是这个练习更具挑战性，因为有些小细胞我不想算。此外，一些细胞彼此重叠。我在网上看到了一些MATLAB示例，但它们都涉及到无法使用的功能。您对如何分离重叠细胞有什么想法吗？

这是图像：

为了更清楚：请帮助我计算一下红细胞（圆形）的数量：

图像为灰度，但我认为您可以区分哪些是红细胞。它们具有独特的双凹形状......其他一切都无关紧要。但更具体地说，这是一个图像，其中包含我想忽略/丢弃/不用红色突出显示的所有内容。

主要问题是细胞重叠。

Answer 1

以下是执行此操作的ImageJ宏（也是免费软件）。我建议你使用ImageJ（或斐济）来探索这类东西。然后，如果你真的需要它，你可以写一个Octave程序来做它。

run ("8-bit");
setAutoThreshold ("Default");
setOption ("BlackBackground", false);
run ("Convert to Mask");
run ("Fill Holes");
run ("Watershed");
run ("Analyze Particles...", "size=100-Infinity exclude clear add");

这种方法给出了这个结果：

点击点击相当于：

1. 图片＆gt;输入＆gt; 8位
2. 图片＆gt;调整＆gt;阈值
3. 选择“默认”并在阈值对话框上取消“黑暗背景”。然后单击“应用”。
4. 过程＆gt;二元>填补孔
5. 过程＆gt;二元>分水
6. 分析＆gt;分析粒子...... 7在“分析粒子”对话框中将“100-Infinity”设置为有效粒径范围

在ImageJ上，如果你有一个bianry图像，分水岭实际上执行了距离变换，然后是分水岭。

Octave具有除分水岭之外的所有上述功能（我计划尽快实施）。

如果你不能将ImageJ用于你的问题（为什么不呢？它也可以在无头模式下运行），那么另一种方法是获取每个对象的区域，如果太高，则假设它是多个单元格。它有点取决于您的问题，是否可以生成平均单元格大小（和错误）的值。

另一种选择是测量所识别的每个物体的圆度。重叠的单元格将不那么圆，您可以通过这种方式识别它们。

这取决于您愿意在程序输出中接受多少错误。

Answer 2

这只是为了帮助解决“噪音问题”，但为什么不继续使用bwlabel并尝试使用bwareaopen来摆脱小物件？看起来单元格非常大，只需设置一些大小阈值即可去除小对象http://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/46398-removing-objects-which-have-area-greater-and-lesser-than-some-threshold-areas-and-extracting-only-th

对于重叠单元格，可以设置单个单元格大小的上限。所以当你有两个细胞重叠时，它会把它归类为“大于一个细胞”或类似的东西。所以它至少承认了形状，但无法准确确定那里有多少个细胞