在R中使用nlme包的分段HLM模型

时间:2015-04-14 17:47:56

标签: r mixed-models piecewise nlme

我的受试者有两个感兴趣的时间段和四个观察点(0个月,4个月,12个月,16个月)。感兴趣的第一个时间段是观察1和观察3之间。感兴趣的第二个时间段是观察3和观察4之间。

我想运行一个HLM来解释同一主题观察的相关性。我已粘贴了一些示例数据,我的代码和输出也在下面。

当我将模型输出与实际比较时,它们在这种情况下非常相似。但是,当我使用我的实际数据集时,它们的相似性较低。这意味着什么?你能告诉我我是否适当编码了时间吗?我的目标是比较时间段1内的治疗效果与时间段2内的治疗效果。谢谢!

library(nlme)

#Run Model and Get Output
model=lme(Response~Time1*Treatment+Time2*Treatment,
       random=~Time1+Time2|Subject,data=test,control=list(opt="optim"))

 round(summary(model)$tTable,dig=3)

# Output

              Value Std.Error DF t-value p-value
(Intercept)     172.357     2.390 41  72.110   0.000
Time1             0.464     0.062 41   7.496   0.000
Treatment       -10.786     3.499 13  -3.083   0.009
Time2            -0.795     0.130 41  -6.113   0.000
Time1:Treatment  -0.089     0.091 41  -0.985   0.331
Treatment:Time2   0.563     0.190 41   2.956   0.005

# Means by Treatment and Time vs. Model

mean(test$Response[test$Treatment==1 & test$Observation==1])
[1] 161.1429
#model
172.357-10.786
[1] 161.571

mean(test$Response[test$Treatment==0 & test$Observation==1])
[1] 171.75
#model
[1] 172.357

用于此输出的示例数据:

     Subject  Treatment  Observation  Time  Time2  Response

            1   0   1   0   0   170
            1   0   2   4   0   175
            1   0   3   12  0   177
            1   0   4   12  4   173
            2   1   1   0   0   160
            2   1   2   4   0   162
            2   1   3   12  0   165
            2   1   4   12  4   165
            3   0   1   0   0   172
            3   0   2   4   0   177
            3   0   3   12  0   180
            3   0   4   12  4   175
            4   1   1   0   0   162
            4   1   2   4   0   166
            4   1   3   12  0   168
            4   1   4   12  4   167
            5   1   1   0   0   163
            5   1   2   4   0   167
            5   1   3   12  0   169
            5   1   4   12  4   167
            6   0   1   0   0   179
            6   0   2   4   0   182
            6   0   3   12  0   184
            6   0   4   12  4   180
            7   0   1   0   0   155
            7   0   2   4   0   158
            7   0   3   12  0   160
            7   0   4   12  4   157
            8   1   1   0   0   152
            8   1   2   4   0   155
            8   1   3   12  0   157
            8   1   4   12  4   157
            9   0   1   0   0   170
            9   0   2   4   0   174
            9   0   3   12  0   179
            9   0   4   12  4   177
            10  1   1   0   0   162
            10  1   2   4   0   164
            10  1   3   12  0   165
            10  1   4   12  4   165
            11  1   1   0   0   164
            11  1   2   4   0   165
            11  1   3   12  0   168
            11  1   4   12  4   167
            12  0   1   0   0   174
            12  0   2   4   0   175
            12  0   3   12  0   176
            12  0   4   12  4   175
            13  0   1   0   0   184
            13  0   2   4   0   185
            13  0   3   12  0   186
            13  0   4   12  4   184
            14  1   1   0   0   165
            14  1   2   4   0   167
            14  1   3   12  0   169
            14  1   4   12  4   168
            15  0   1   0   0   170
            15  0   2   4   0   175
            15  0   3   12  0   179
            15  0   4   12  4   177

感谢。

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