Question

我需要使用一个名为HTSeq的程序。有详细的安装说明，但由于我是一个新的Python用户，我一定搞砸了。

我首先尝试在Windows XP下安装，但即使在安装vcredist_x86.exe之后我仍然收到以下错误：

>>> import HTSeq
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "C:\Python27\lib\site-packages\HTSeq\__init__.py", line 9, in <module> from _HTSeq import *
ImportError: DLL load failed: Le module specifie est introuvable.

由于我真的更喜欢Unix环境，我放弃了Windows并安装了Ubuntu 14.04，然后再次尝试。在终端，我输入了：

sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib

我收到了一系列错误，因为代理设置不正确。由于这不起作用，我决定下载Python-2.7.9.tgz并使用

进行安装

.configure
make
sudo make install

与此同时，我发现代理设置错误并相应地编辑了apt.conf。我重复了命令

sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib

一切安装完美。然后我下载了HTSeq-0.6.1p1并将其解压缩到一个名为opt的新目录中。我试图安装并得到此错误：

liz@liz-Veriton-M670G:~/opt/HTSeq-0.6.1p1$ python setup.py install --user
    Could not import 'setuptools', falling back to 'distutils'.
Setup script for HTSeq: Failed to import 'numpy'.
Please install numpy and then try again to install HTSeq.

安装Numpy，如下所示：

liz@liz-Veriton-M670G:~/opt/HTSeq-0.6.1p1$ sudo apt-get install python-numpy
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
python-numpy is already the newest version.
0 upgraded, 0 newly installed, 0 to remove and 391 not upgraded.

因此，只有setuptools似乎缺失。我做了

liz@liz-Veriton-M670G:~$ sudo apt-get install python-setuptools

但是HTSeq仍然没有安装。

liz@liz-Veriton-M670G:~$ cd ./opt/HTSeq-0.6.1p1/
liz@liz-Veriton-M670G:~/opt/HTSeq-0.6.1p1$ python setup.py install --user
Could not import 'setuptools', falling back to 'distutils'.
Setup script for HTSeq: Failed to import 'numpy'.
Please install numpy and then try again to install HTSeq.

也许我没有在正确的目录中安装东西？我做错了什么？

Answer 1

现在可能事情有些混乱;也许你现在有两个Python安装。

撰写/usr/bin/python而非python，以确保您使用apt-get安装的版本。

启动Python一次（只需键入/usr/bin/python），然后键入import numpy以查看是否可以加载它。

Answer 2

事实上，由于我的Ubuntu安装附带了一个Python版本，我在/ usr / bin和/ usr / local / bin中都有多个版本。但它足以启动正确的安装和HTSeq：

liz @ liz-Veriton-M670G：〜$ cd ./Desktop/HTSeq-0.6.1p1 /

liz @ liz-Veriton-M670G：〜/ Desktop / HTSeq-0.6.1p1 $ / usr / bin / python setup.py install --user

谢谢你这么简单的回答！

无法在Ubuntu 14.04上安装HTSeq Python包

2 个答案: