Question

我写了这个shell脚本。我收到了第14行和第18行的错误消息，但我没有看到错误。该脚本应该分析*.fq的每个文件。如果给定文件的前三个字符不匹配＆＃34; HWI＆＃34;然后脚本将回复＆＃34; invalide格式＆＃34;，但如果它们匹配，那么脚本将给出我的数字＆＃34; HWI＆＃34;该文件中的行。

!/bin/sh
for f in *.fq
do
a="$(head -n1 $f)"
c="$(expr substr $a 2 3)"
echo $c
nr="$(grep -w "HWI" $f | wc -l)
if [ "$c"="HWI" ] ;
then
  echo $f |  "the number of read of $f is $nr"
else
  echo"Invalide Format"
fi
done

有人可以解释我的错误吗？

Answer 1

您的脚本中存在多个语法问题，您可以使用http://www.shellcheck.net/之类的工具来检测某些错误。缩进代码后，这是你所写的更正确（不完美）的版本：

for f in *.fq 
do 
    a=$(head -n1 "$f")
    c=$(expr substr "$a" 2 3)
    echo "$c"
    nr=$(grep -w "HWI" "$f" | wc -l)
    if [ "$c" == "HWI" ]; then
        echo "The number of read of $f is $nr"
    else 
        echo "Invalide Format"
    fi
done

无需报价＆＃34; ＆＃34;在$（..）
无需管道$ f回声（不确定你要做什么）
引用＆＃34; ＆＃34;包装变量以避免分词

我没有运行代码，因为我不知道你想要做什么，但至少语法应该更好。

Answer 2

您的代码已经完善：

#!/bin/sh
for f in *.fq
do
a="$(head -n1 $f)"
c=$(expr "substr $a 2 3")
echo $c
nr="$(grep -w "HWI" $f | wc -l)"
if [ "$c"="HWI" ] ;
then
  echo $f  "the number of read of $f is $nr"
else
  echo "Invalide Format"
fi
done

错误：

第1行：缺少＃

第5行：使用expr
时语法错误
第7行：缺少报价

第10行：使用echo
的语法错误
第12行：在echo
之后缺少空格
最后一行：缺少循环结束done

Answer 3

此测试[ "$c"="HWI" ]将始终 true 。

[命令根据接收的参数数量做不同的事情。当给出1个参数（折扣强制]最后一个参数）时，如果参数的长度不为零，则返回成功。

您正在向[命令传递一个参数："$c"="HWI" - 此字符串的长度至少为四，因此显然不为零。< / p>

对于字符串比较，您需要运算符周围的空格：[ "$c" = "HWI" ]

有关如何解析[命令的所有详细信息，请参阅此处：http://pubs.opengroup.org/onlinepubs/9699919799/utilities/test.html#tag_20_128

我的重写：

#!/bin/bash
for f in *.fq; do
    read -N3 first3 < "$f"
    if [[ $first3 == "HWI" ]]; then
        echo "number of reads: $f: $(grep -Fwc HWI "$f")"
    else
        echo "Invalide Format: $f"
    fi
done

如何验证文件格式

3 个答案: