R:运行cox比例风险模型时“抓住了段错误”

时间:2015-04-13 01:04:47

标签: r segmentation-fault coredump survival-analysis cox-regression

我正在运行几个Cox模型,每次添加一个新变量。

我跑的主要模型是

model1 <- coxph(Surv(time1sec, time2sec, event) ~ gain + Buy + Lev + TP + gain:TP + SL + gain:SL + InstrumentID, data)

这很好,但后来我想添加week固定效果,以考虑交易开放的时间(或周)。所以我运行了以下内容:

model2 <- coxph(Surv(time1sec, time2sec, event) ~ gain + Buy + Lev + TP + gain:TP + SL + gain:SL + InstrumentID + week, data)

当我在笔记本电脑上运行此模型时,R崩溃了。当我在群集上运行它时,我收到以下错误:

*** caught segfault ***
address 0xfffffffc00000000, cause 'memory not mapped'

Traceback:
 1: docount(y, x, weight)
 2: survConcordance.fit(y, lp, strata, weights)
 3: fitter(X, Y, strats, offset, init, control, weights = weights,     method = method, row.names(mf))
 4: coxph(Surv(time1sec, time2sec, event) ~ gain + Buy + Lev + TP + gain:TP + SL + gain:SL + InstrumentID + week, data)
aborting ...
/var/spool/gridscheduler/execd/node074/job_scripts/27524: line 28: 37078     Segmentation fault      (core dumped)

对于model1,我使用了8GB的RAM并且工作正常,对于model2,我尝试将它增加到集群上的128 GB,但它不起作用。

我猜它与内存没有关系,而是我添加了week变量。是否发生此错误是因为周变量以某种方式与time1sectime2sec相关联,这是交易的开启日期和结束日期?

更新 我针对week制作了time1sec,如图所示。我知道这两个变量是完全相关的,但我的问题是因为持续时间也是基于time2sec,我不能把周作为固定效应包括在内吗?或者模型是否通过time1sec变量考虑了这一点?

plot-openWeek-vs-time1sec

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