我有一个真实生物数据矩阵,其中行是染色体区域,列是细胞类型,每个条目都是表示特定灵敏度的实际值。
以下是我的数据:
gm12878 h1.hesc hela.s3 hepg2 huvec k562
chr1-66660-66810 0.00000 0.000000 2.8250000 0.75000 0.0000000 0.850000
chr1-564520-564670 15.63564 4.546988 57.7813793 130.22636 5.8088889 101.680952
chr1-568060-568210 17.90698 3.697059 15.9627451 34.88667 4.1000000 31.039474
chr1-568900-569050 41.70294 7.456818 28.3984615 59.46496 8.5194444 44.658333
chr1-601040-601190 0.40000 0.750000 0.5333333 0.40000 0.3000000 0.300000
chr1-662500-662650 0.00000 3.450000 0.2500000 63.00000 0.9923077 5.746988
我想将这些数据可视化为R中的3D条形图,其中每个实际值都是平行六面体,其高度与其值成正比。
像这个图(来自:" A semantic analysis of the annotations of the human genome",Sorin Draghici,Bioinformatics 2005):
我必须在Y轴上具有所有染色体区域标签,在X轴上具有所有细胞类型,并且在Z轴上具有数据灵敏度。 我怎么能这样做?
编辑:我尝试关注this question,但我的数据格式与示例数据格式不同。