意外的awk解析

Question

我有一个fastq文件，其读取格式如下：

@SRR1463109.1 HWI-ST740_1:1:1101:1222:2116/1
AAACTAAAATTTTAAAGCATCTGACTGTACTCATGGTGGGTACACGTGACTAGAAATCTATCACACTAACATGAGGGTCAGCTCCACGCTCTGTGACTTCT
+
HHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHCEHHDDDDBFGGGBGHHHHFHHHHHF;EF?FDCD?GGCGGFFGFGHHEGHGGFFGEEDHHG

我需要删除@xxxx字后的空格，使其看起来像

@SRR1463109.1_HWI-ST740_1:1:1101:1222:2116/1
AAACTAAAATTTTAAAGCATCTGACTGTACTCATGGTGGGTACACGTGACTAGAAATCTATCACACTAACATGAGGGTCAGCTCCACGCTCTGTGACTTCT
+
HHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHCEHHDDDDBFGGGBGHHHHFHHHHHF;EF?FDCD?GGCGGFFGFGHHEGHGGFFGEEDHHG

我是awk的新手，但到目前为止我已经

了

awk '{ gsub("^@([a-z]|[A-Z])*", $1"_"$2, $1); $2=""; print }' test.fastq

，结果是

@SRR1463109.1_HWI-ST740_1:1:1101:1222:2116/11463109.1
AAACTAAAATTTTAAAGCATCTGACTGTACTCATGGTGGGTACACGTGACTAGAAATCTATCACACTAACATGAGGGTCAGCTCCACGCTCTGTGACTTCT
+
HHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHCEHHDDDDBFGGGBGHHHHFHHHHHF;EF?FDCD?GGCGGFFGFGHHEGHGGFFGEEDHHG

该行的最后一部分正在被破坏，可能是因为文本中的“/ 1”。我该如何解决这个问题？

Answer 1

使用sed进行简单替换。

$ sed 's/^\(@[^[:blank:]]*\)[[:blank:]]\+/\1_/' file
@SRR1463109.1_HWI-ST740_1:1:1101:1222:2116/1
AAACTAAAATTTTAAAGCATCTGACTGTACTCATGGTGGGTACACGTGACTAGAAATCTATCACACTAACATGAGGGTCAGCTCCACGCTCTGTGACTTCT
+
HHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHCEHHDDDDBFGGGBGHHHHFHHHHHF;EF?FDCD?GGCGGFFGFGHHEGHGGFFGEEDHH