Question

我正在尝试从已经存在的csc矩阵创建一个petsc矩阵。考虑到this，我创建了以下示例代码：

import numpy as np
import scipy.sparse as sp
import math as math
from petsc4py import PETSc
n=100

A = sp.csc_matrix((n,n),dtype=np.complex128)
print A.shape
A[1:5,:]=1+1j*5*math.pi

p1=A.indptr
p2=A.indices
p3=A.data
petsc_mat = PETSc.Mat().createAIJ(size=A.shape,csr=(p1,p2,p3))

只要矩阵只包含实数值，这就非常有效。当矩阵复杂运行时，这段代码会产生一个 TypeError: Cannot cast array data from dtype('complex128') to dtype('float64') according to the rule 'safe'。我试图弄清楚错误发生在哪里，但对追溯没有多大意义：

petsc_mat = PETSc.Mat().createAIJ(size=A.shape,csr=(p1,p2,p3))  File "Mat.pyx", line 265, in petsc4py.PETSc.Mat.createAIJ (src/petsc4py.PETSc.c:98970)
File "petscmat.pxi", line 662, in petsc4py.PETSc.Mat_AllocAIJ (src/petsc4py.PETSc.c:24264)
File "petscmat.pxi", line 633, in petsc4py.PETSc.Mat_AllocAIJ_CSR (src/petsc4py.PETSc.c:23858)
File "arraynpy.pxi", line 136, in petsc4py.PETSc.iarray_s (src/petsc4py.PETSc.c:8048)
File "arraynpy.pxi", line 117, in petsc4py.PETSc.iarray (src/petsc4py.PETSc.c:7771)

是否有一种有效的方法可以从复杂的scipy csc矩阵创建一个petsc矩阵（我想稍后检索一些特征对）？

如果你们能帮助我找到我的（希望不是太明显的）错误，我会很高兴。

Answer 1

我遇到麻烦让PETSc工作，所以我配置的不止一次，在上一次运行中我显然忘记了选项--with-scalar-type=complex。

这就是我应该做的：

检查日志文件$PETSC_DIR/arch-linux2-c-opt/conf/configure.log。
或者查看reconfigure-arch-linux2-c-opt.py。

在那里，您可以找到用于配置PETSc的所有选项。如果您也使用SLEPc，您还需要重新编译它。现在，因为我将选项（--with-scalar-type=complex）添加到重新配置脚本并运行它，所以一切正常。

petsc4py：从csc_matrix创建AIJ Matrix会导致TypeError

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