如何使用knitr和RMarkdown在一个块中的多个页面上添加多个数字？

Question

我正在使用for循环在一个块中使用knitr和rmarkdown在多个页面上创建多个大数字。它适用于word和html输出，但在pdf输出中有一个问题。

这是重现我的问题的最小RMarkdown示例。

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title: "Knitr test"
date: "6 April 2015"
output: pdf_document
---


```{r, echo=FALSE, fig.width=6.5,fig.height=10}
library(ggplot2)
for (i in seq(1, 4)){
    p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point() 
    print(p)
}
```

生成的pdf文件如下所示。页面上印有两个数字。

如果我更改了fig.height，在rmd文件中添加一些部分，仍会在同一页面中打印两个不同排列的数字。

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title: "Knitr test"
output: pdf_document
date: "6 April 2015"
---

## Section A

Row B

```{r plot_phenotype, echo = FALSE, fig.height=8, fig.width=6.5}
library(ggplot2)
for (i in seq(1, 4))
{
    p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point()
    print(p)
}

```

感谢您提出解决此问题的任何建议。

我使用的是RStudio 0.99.375。这是我的会话信息。

sessionInfo()
R version 3.1.3 (2015-03-09)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

locale:
[1] LC_COLLATE=English_Australia.1252  LC_CTYPE=English_Australia.1252   
[3] LC_MONETARY=English_Australia.1252 LC_NUMERIC=C                      
[5] LC_TIME=English_Australia.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] rmarkdown_0.5.3.1 knitr_1.9.5      

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.2-5 digest_0.6.8     evaluate_0.5.5   formatR_1.0     
 [5] ggplot2_1.0.0    grid_3.1.3       gtable_0.1.2     htmltools_0.2.6 
 [9] MASS_7.3-34      munsell_0.4.2    plyr_1.8.1       proto_0.3-10    
[13] Rcpp_0.11.5      reshape2_1.4.1   scales_0.2.4     stringr_0.6.2   
[17] tcltk_3.1.3      tools_3.1.3      yaml_2.1.13     

Answer 1

我已经解决了我的问题。

在生成的tex文件中，每个图后面没有新行。这个tex代码我们使用上面的rmd文件生成：

\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-1.pdf}
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-2.pdf}
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-3.pdf}
\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-4.pdf}

解决方案是在每个周期后添加一个新行来打印图形。

cat('\r\n\r\n')

我不知道为什么我需要两个“\ r \ n”。生成的tex文件如下所示：

\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-1.pdf}

\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-2.pdf}

\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-3.pdf}

\includegraphics{test_files/figure-latex/plot_phenotype-4.pdf}

这是我的Rmd文件的完整示例

---
title: "Knitr test"
output:
  pdf_document:
    keep_tex: yes
date: "6 April 2015"
---

## Section A

Row B

```{r plot_phenotype, echo = FALSE, fig.height=8, fig.width=6.5}
library(ggplot2)
library(grid)
for (i in seq(1, 4))
{
    grid.newpage()
    p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point()

    print(p)
    cat('\r\n\r\n')
}


```

Answer 2

编辑1（LaTeX）：我似乎无法使用RMarkdown，因为它有新页面的问题。但是使用纯粹的LaTeX似乎解决了单页中的多个图和开头的文本的问题。不确定它是否是你想要的。在RStudio中打开一个新的R Sweave（.Rnw）文件并尝试：

\documentclass{article}
\begin{document}
\title{A report}
\author{Me}
\maketitle
\section{One section}
Some text that does not say anything interesting.

<<r, echo=FALSE, fig.width=6.5, fig.height=7>>=
library(ggplot2)
for (i in seq(1, 4)){
  p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point()
  print(p)
}
@

\end{document}

这会产生以下结果：

编辑2（RMarkdown）（根据您的回答）：运行您的答案中的代码我得到带有文本的第一页，然后是每个图的单页。如果这是您想要的，您只需使用（即删除grid.newpage，\r和keep_tex）即可获得相同的结果：

---
title: "Knitr test"
output: pdf_document
date: "6 April 2015"
---

## Section A

Row B

```{r plot_phenotype, echo = FALSE, fig.height=10, fig.width=6.5}
library(ggplot2)
for (i in seq(1, 4))
{
    p <- ggplot(cars, aes(speed, dist)) + geom_point()

    print(p)
    cat('\n\n')
}


```

产生以下内容：

如果将fig.height更改为7，您将获得与上述LaTeX相同的结果。

Answer 3

在您的降价解决方案中，我无法执行包含三个垂直堆叠的图形，从而减少了fig.height参数。似乎## A部分仍然存在

## Frecuencias
```{r frecuencia, fig.cap = 'Frecuencias', fig.subcap=c('Total', 'Judicial', 'Gravedad e incapacidad'), fig.ncol=1, fig.align='center', out.height='25%'}
vals$plotfrectotal
vals$plotfrecjud
vals$plotfrecporinc
```