如何为给定序列编写正则表达式

Question

我有以下序列，我需要为其编写正则表达式。任何关于如何开始的提示或提示将不胜感激！

更新：我的任务是为给定的'alignment'编写一个reg表达式，而不是'sequence'，因为我之前误读了。另外，我添加了空格来显示序列在赋值中的外观，只是没有空格。

QIQAAKIWAAKPYVDESRISIWGWSYGGF
QIAAAKHWAQKDYIDEDRLAIWGWSYGGY
QIQAAKAWGKKPYVDKTRMAIWGWSYGG
QIEATRQFSKMGFVDDKRIAIWGWSYGGY
QIEAARQFLKMGFVDSKRVAIWGWSYGGY
QVFAAKELLKNRWADKDHIGIWGWSYGGF
QVFAAKEVLKNRWADKDHIGIWGXSYGGF
QVFAAKELLKNRWADKDHIGIWGWSYGGF
QVFAAKELLKNRWADKDHIGIWGWSYGGF
VGSASVSMMPRLPRLPQLLDQPGSSSGGY
FIAAAEYLKAEGYTRTDRLAIRGGSNGGL
FQCAAEYLIKEGYTSPKRLTINGGSNGGL
FQCAAEYLIKEGYTTSKRLTINGGSNGGL
FIAAGEYLQKNGYTSKDYMALSGRSNGGL
YLDACDALLKLGYGSPSLCYAMGGSAGGM
FIAAAKHLIDQNYTSPTKMAARGGSAGGL
QITAVRKFIEMGFIDEKRIAIWGWSYGGY
QLTAVRKFIEMGFIDEERIAIWGWSYGGY

Answer 1

以下是我要采取的步骤：

1）对齐序列
2）读取比对的每一列并产生每个位置中不同可能氨基酸的列表
3）现在每个位置都可以用一个容易转换成正则表达式的列表来表示

对于前三个位置，它将是：

(Q|V|F|Y)(I|V|G|Q|L)(T|A|D|L|S|F|E|Q)

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