应用错误收集

我有一个独特的问题，在编辑后我的javascript和php文件中没有保存终结字。

我已经使用ftp下载了我的网站javascript和php文件，所以我可以编辑它们。我在Notepad ++中对它们进行了编辑，然后重新上传它们。一切都破了，因为我添加的所有新代码都没有最终行，只有一行，所以有些行有注释，导致语法错误。

什么可能导致这样一个奇怪的问题？

重要信息：

已编辑文件中的现有代码具有正确的结束/格式。它只是添加的新代码/文本。
每个文件都是UTF8编码而没有BOM。我没有设置这种编码，这就是它们来自filezilla的方式。
我在Windows 8.1
在Notepad ++中，文件看起来很好，带有轮廓和正确的格式。当我在Chrome浏览器的源浏览器中查看文件时（例如，javascript文件），它显示所有新代码都在一行而没有任何换行符（原始代码奇怪地包含了所有换行符）。
如果我在Notepad ++中搜索编辑文件中的字符/ n，它只会在现有代码行上找到endline chars，但不会在我的新代码上找到，即使新代码显示在不同的行上。这样一个奇怪的问题。