Python:改善长累积总和

时间:2010-05-30 03:06:34

标签: python list-comprehension

我有一个程序可以处理大量的实验数据。数据存储为具有以下属性的类实例的对象列表:

  • time_point - 样本的时间
  • cluster - 从中​​获取样本的节点集群的名称
  • node - 从中​​获取样本的节点的名称
  • qty1 =第一个数量的样本值
  • qty2 =第二个数量的样本值

我需要从数据集中导出一些值,以三种方式分组 - 一次用于整个样本,一次用于每个节点集群,一次用于每个节点。我需要得出的值取决于qty1和qty2的(时间排序的)累积和:qty1和qty2的累积和的元素和的最大值,最大值发生的时间点,以及那个时间点的qty1和qty2的值。

我提出了以下解决方案:

dataset.sort(key=operator.attrgetter('time_point'))

# For the whole set
sys_qty1 = 0
sys_qty2 = 0
sys_combo = 0
sys_max = 0

# For the cluster grouping
cluster_qty1 = defaultdict(int)
cluster_qty2 = defaultdict(int)
cluster_combo = defaultdict(int)
cluster_max = defaultdict(int)
cluster_peak = defaultdict(int)

# For the node grouping
node_qty1 = defaultdict(int)
node_qty2 = defaultdict(int)
node_combo = defaultdict(int)
node_max = defaultdict(int)
node_peak = defaultdict(int)

for t in dataset:
  # For the whole system ######################################################
  sys_qty1 += t.qty1
  sys_qty2 += t.qty2
  sys_combo = sys_qty1 + sys_qty2
  if sys_combo > sys_max:
    sys_max = sys_combo
    # The Peak class is to record the time point and the cumulative quantities
    system_peak = Peak(time_point=t.time_point,
                       qty1=sys_qty1,
                       qty2=sys_qty2)
  # For the cluster grouping ##################################################
  cluster_qty1[t.cluster] += t.qty1
  cluster_qty2[t.cluster] += t.qty2
  cluster_combo[t.cluster] = cluster_qty1[t.cluster] + cluster_qty2[t.cluster]
  if cluster_combo[t.cluster] > cluster_max[t.cluster]:
    cluster_max[t.cluster] = cluster_combo[t.cluster]
    cluster_peak[t.cluster] = Peak(time_point=t.time_point,
                                   qty1=cluster_qty1[t.cluster],
                                   qty2=cluster_qty2[t.cluster])
  # For the node grouping #####################################################
  node_qty1[t.node] += t.qty1
  node_qty2[t.node] += t.qty2
  node_combo[t.node] = node_qty1[t.node] + node_qty2[t.node]
  if node_combo[t.node] > node_max[t.node]:
    node_max[t.node] = node_combo[t.node]
    node_peak[t.node] = Peak(time_point=t.time_point,
                             qty1=node_qty1[t.node],
                             qty2=node_qty2[t.node])

这会产生正确的输出,但我想知道它是否可以更具可读性/ Pythonic,和/或更快/更具可扩展性。

以上内容很有吸引力,因为它只会循环通过(大)数据集一次,但没有吸引力,因为我基本上复制/粘贴了同一算法的三个副本。

为了避免上述的复制/粘贴问题,我也尝试了这个:

def find_peaks(level, dataset):

  def grouping(object, attr_name):
    if attr_name == 'system':
      return attr_name
    else:
      return object.__dict__[attrname]

  cuml_qty1 = defaultdict(int)
  cuml_qty2 = defaultdict(int)
  cuml_combo = defaultdict(int)
  level_max = defaultdict(int)
  level_peak = defaultdict(int)

  for t in dataset:
    cuml_qty1[grouping(t, level)] += t.qty1
    cuml_qty2[grouping(t, level)] += t.qty2
    cuml_combo[grouping(t, level)] = (cuml_qty1[grouping(t, level)] +
                                      cuml_qty2[grouping(t, level)])
    if cuml_combo[grouping(t, level)] > level_max[grouping(t, level)]:
      level_max[grouping(t, level)] = cuml_combo[grouping(t, level)]
      level_peak[grouping(t, level)] = Peak(time_point=t.time_point,
                                            qty1=node_qty1[grouping(t, level)],
                                            qty2=node_qty2[grouping(t, level)])
  return level_peak

system_peak = find_peaks('system', dataset)
cluster_peak = find_peaks('cluster', dataset)
node_peak = find_peaks('node', dataset)

对于(非分组)系统级计算,我也想出了这个,这很漂亮:

dataset.sort(key=operator.attrgetter('time_point'))

def cuml_sum(seq):
  rseq = []
  t = 0
  for i in seq:
    t += i
    rseq.append(t)
  return rseq

time_get = operator.attrgetter('time_point')
q1_get = operator.attrgetter('qty1')
q2_get = operator.attrgetter('qty2')

timeline = [time_get(t) for t in dataset]
cuml_qty1 = cuml_sum([q1_get(t) for t in dataset])
cuml_qty2 = cuml_sum([q2_get(t) for t in dataset])
cuml_combo = [q1 + q2 for q1, q2 in zip(cuml_qty1, cuml_qty2)]

combo_max = max(cuml_combo)
time_max = timeline.index(combo_max)
q1_at_max = cuml_qty1.index(time_max)
q2_at_max = cuml_qty2.index(time_max)

然而,尽管这个版本很酷地使用了列表推导和zip(),但它只是为了系统级计算而在数据集中循环三次,我想不出一个好的方法来做集群级和节点级别的calaculations没有做一些缓慢的事情:

timeline = defaultdict(int)
cuml_qty1 = defaultdict(int)
#...etc.

for c in cluster_list:
  timeline[c] = [time_get(t) for t in dataset if t.cluster == c]
  cuml_qty1[c] = [q1_get(t) for t in dataset if t.cluster == c]
  #...etc.

Stack Overflow的任何人都有改进建议吗?上面的第一个片段适用于我的初始数据集(大约一百万条记录),但后来的数据集将拥有更多记录和群集/节点,因此可扩展性是一个问题。

这是我对Python的第一次非常重要的使用,我想确保我正在充分利用该语言(这正在取代一组非常复杂的SQL查询,而早期版本的Python版本本质上是什么做的非常低效的直接转换)。我通常不会做太多的编程,所以我可能会遗漏一些基本的东西。

非常感谢!

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

这似乎是应用一点面向对象的经典机会。我建议将派生数据作为一个类,并将累积和计算抽象为适用于该类的东西。

类似的东西:

class DerivedData(object):
    def __init__(self):
        self.qty1 = 0.0
        self.qty2 = 0.0
        self.combo = 0.0
        self.max = 0.0
        self.peak = Peak(time_point=0.0, qty1=0.0, qty2=0.0)

    def accumulate(self, data):
        self.qty1 += data.qty1
        self.qty2 += data.qty2
        self.combo = self.qty1 + self.qty2
        if self.combo > self.max:
            self.max = self.combo
            self.peak = Peak(time_point=data.time_point,
                             qty1=self.qty1,
                             qty2=self.qty2)

sys = DerivedData()
clusters = defaultdict(DerivedData)
nodes = defaultdict(DerivedData)

dataset.sort(key=operator.attrgetter('time_point'))

for t in dataset:
    sys.accumulate(t)
    clusters[t.cluster].accumulate(t)
    nodes[t.node].accumulate(t)

该解决方案抽象出了寻找峰值的逻辑,但仍然只通过数据集一次。